【英文题名】
Study on the Characteristics of Biological Sequences Based on Nonlinear Theory Methods
【作者】
管维红 ;
【导师】
徐振源 ;
【学位授予单位】
江南大学 ;
【学科专业名称】
计算机应用技术
【学位年度】
2008
【论文级别】
硕士
【网络出版投稿人】
江南大学
【网络出版投稿时间】
2009-02-07
【关键词】
生物信息学 ;
生物序列 ;
非线性预测方法 ;
混沌 ;
最大Lyapunov指数 ;
基因签名 ;
【英文关键词】
bioinformatics ;
biological sequences ;
nonlinear prediction method ;
chaos ;
the largest lyapunov exponent ;
genomic signature ;
【中文摘要】
揭示生物分子数据隐含的生物信息是生物信息学的长远目标。生物分子数据之间存在着复杂的联系,数据中蕴含着丰富的生物学知识和生物学规律。本文主要研究的是用非线性理论方法来研究生物序列的特性。
本文首先着重研究氨基酸序列的特性,这是研究氨基酸序列与蛋白质结构及功能之间关系的一个前提。在前人的研究基础上,先介绍研究序列特性的非线性预测方法,并用此方法处理两组不同的蛋白质序列,从研究结果发现蛋白质序列具有非线性特性。为了进一步分析蛋白质序列的特性,用同样方法研究随机序列和混沌序列,将蛋白质序列的研究结果和随机序列以及混沌序列的研究结果进行比较,发现蛋白质序列是非随机的,具有显著的非线性特性,并且得出可能具有混沌特性的猜测。
判断一个系统是否具有混沌特性最直接的方法是计算其最大Lyapunov指数。计算蛋白质序列的最大Lyapunov指数是本文的主要创新点,先将蛋白质序列通过混沌随机游走的方法转化为时间序列,再利用Wolf提出的计算最大Lyapunov指数的方法计算对应时间序列的最大Lyapunov指数值。在选定的嵌入维数和时间延迟下,两组蛋白质序列所对应的时间序列的最大Lyapunov指数...
【英文摘要】
To explore biological information from biological data is the long-range objective of Bioinformatics. There are complicated relations between these data, which also contain abundant biological knowledge and biological rules. In this paper, we mainly study the property of biological sequences using the nonlinear theory methods.
After introducing the background of Bioinformatics, we first study the characteristic of amino acid sequences, which is one precondition for analyzing the relationship bet...
【更新日期】
2009-02-19
【相同导师文献】
导师：徐振源 导师单位：江南大学 学位授予单位：江南大学复杂动态网络广义同步 [D]. 江南大学,2010连续系统的广义同步 [D]. 江南大学,2010单调系统理论和生物节律模型 [D]. 江南大学,2007基于非线性理论方法的生物序列特性的研究 [D]. 江南大学,2008生物序列的内在性质 [D]. 江南大学,2008DNA计算 [D]. 江南大学,2007关于生物信息学的几个问题 [D]. 江南大学,2008关于生物序列非线性性质的研究 [D]. 江南大学,2009一类混沌系统的混沌广义同步探讨 [D]. 江南大学,2009混沌控制与同步的有关问题研究 [D]. 江南大学,2006
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