【英文题名】
Transcriptome Study of Aspergillus Oryzae RIB40 Based on RNA-Seq Technology
【作者】
王斌 ;
【导师】
郭勇 ;
【学位授予单位】
华南理工大学 ;
【学科专业名称】
发酵工程
【学位年度】
2010
【论文级别】
博士
【网络出版投稿人】
华南理工大学
【网络出版投稿时间】
2010-11-01
【关键词】
米曲霉 ;
转录组 ;
RNA-Seq技术 ;
蛋白表达及分泌 ;
可变剪接 ;
【英文关键词】
Aspergillus oryzae ;
Transcriptome ;
RNA-Seq technology ;
Protein expression and secretion ;
Alternative splicing ;
【中文摘要】
米曲霉,是我国传统酿造行业的优良菌种,具有极强的蛋白表达和分泌能力,在食品、饮料、化妆品、医药等领域具有重要的应用。随着米曲霉遗传转化系统的逐步建立,米曲霉成为极具潜力的异源重组蛋白表达系统。然而,米曲霉转录组学的研究却进展缓慢,依靠EST技术和基因芯片技术的转录组学研究受到自身检测范围和灵敏度的局限,很难揭示米曲霉转录组的功能复杂性。而且,米曲霉在固体、液体培养条件下生长表型出现显著差异,并导致蛋白表达和分泌的差异,其中的原因仍不清楚;异源蛋白在米曲霉中的表达,与同源蛋白相比,表达水平很低,其中的原因有待分析。针对以上米曲霉的基础生物学问题,作者采用最新发展起来的RNA-Seq技术对米曲霉的转录组进行解析,并在转录组水平上研究上述问题。
本研究对米曲霉在不同培养条件下的RNA样品进行RNA-Seq测序,测序得到的序列片段(reads)对米曲霉基因组的覆盖高达145倍,有超过90%的reads是高质量的在基因组上特异匹配的reads。根据RNA-Seq reads在米曲霉基因组及基因上的匹配,绘制了米曲霉全基因组水平的转录图谱。通过代表基因转录水平的标准化数据RPKM判定米曲霉基因组的1...
【英文摘要】
Aspergillus oryzae, an excellent strain used in Chinese traditional brewing industry, owns powerful capacity of protein expression and secretion, and has important applications in the field of grocery, beverage, cosmetic and medicine. And A. oryzae becomes an attractive expression system for heterologous recombinant protein genes, as the development of its genetic transformation system. However, the transcriptome research of A. oryzae progressed slowly. The research by EST and microarray technology, ...
【更新日期】
2010-11-30
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