茄子褐纹病菌的基因组及转录组测序分析

【作者】 衡周； 李涛； 李植良； 黎振兴； 宫超； 孙保娟；

【机构】 广东省农业科学院蔬菜研究所广东省蔬菜新技术研究重点实验室；

【摘要】 茄子褐纹病(Phomopsis blight of eggplant),是由茄褐纹病菌(Phomopsis vexans)引起的危害茄子的重要病害之一,一般可导致茄子15%～20%的减产,发病严重时可减产30%～50%。国内外学者已对褐纹病的病菌分离、形态观察、孢子培养、接种方法及抗病品种选育等方面开展了大量研究。但由于缺乏分子水平的研究基础,目前对与茄子褐纹病的致病分子机理的了解还十分有限。对茄子褐纹病菌进行基因组及转录组测序分析,能为其与茄子互作的分子机理研究提供重要的数据基础,对茄子产业的可持续发展具有重要意义。本研究在对茄褐纹病菌进行了全基因组测序与转录组测序,通过组学分析发现,茄褐纹病菌基因组大小为58.5 M,最长scaffolds为614 kb,N50大小为114 kb。基因组99%以上基因的覆盖深度大于30x。对所获得的数据进行了基因预测并通过数据库(Uniprot NR,KEGG及Pfam)的blast获得了预测基因可能的注释。转录组测序结果显示,转录组N50大小为2kb,共获得了49653个Unigene,平均长度为878 bp。结合已组装的真菌基因组对转录本序列进行基因结构的预测,获得了19 046个预测基因的结构。本研究中所获得的大量数据为褐纹病菌与茄子互作的分子机理的探索提供了重要数据基础,是茄子抗褐纹病分子机理研究的重要组成部分。更多还原