新疆喀什地区结核分枝杆菌分离株氧氟沙星耐药基因gyrA突变位点分析

【作者】 杨航； 姬祥； 郭南； 黄巧玲； 杨彩虹； 吴江东； 袁俐； 曹旭东； 陈创夫；

【机构】 石河子大学生命科学学院； 西部地区高发人兽共患传染性疾病防治协同创新中心； 石河子大学医学院病原生物学与免疫学教研室；

【摘要】 我国是结核病高负担国家之一,也是耐药结核病高负担国家[1]。新疆是我国结核病高发省份,而喀什地区结核病发病率又高于新疆其他地区,是新疆结核病防控的重点区域[1]。新疆结核分枝杆菌抗结核药物耐药率虽低于全国平均水平[1],但是结核病患者基数大,传统的药敏试验耗时长,给耐药结核病的早诊断、早治疗带来较大困难。研究目的:了解新疆喀什地区、石河子地区及华东地区结核分枝杆菌临床分离株对氧氟沙星的耐药性,分析耐药相关基因gyr A喹诺酮耐药决定区(QRDR)突变的位置及类型,以比例法药敏试验为参照,评价DNA测序技术检测氧氟沙星耐药的效率。实验方法:采用比例法药敏试验检测191株结核分枝杆菌临床分离株对氧氟沙星药物的耐药性;对喹诺酮类药物耐药相关基因gyr A的QRDR区进行扩增与测序,分析耐药相关突变位点。以药敏试验结果为标准,通过Kappa值评价DNA测序和药敏试验在结核分枝杆菌临床分离株氧氟沙星耐药检测的一致性。研究结果:191株临床分离株结核分枝杆菌中16株为氧氟沙星耐药株,氧氟沙星总耐药率为8.37%。对gyr A基因QRDR区域扩增后测序,共发现4个位点存在突变;分别是第56、74、90、94位密码子。其中,第56位密码子处由CTC→CTG,为同义突变。74位密码子突变均发生在喀什分离株,由GCC→GTA,氨基酸由Ala突变为Val;90位密码子由GCG→GTG,氨基酸由Ala突变为Val;94位密码子突变占临床分离株耐药位点突变的71%,共发现GAC→TAC、GAC→GCC、GAC→GGC3种突变类型,第94位氨基酸Asp分别突变为Thr、Ala、Gly。与药敏试验结果比较,DNA测序对结核分枝杆菌临床分离株氧氟沙星耐药检测具有高度一致性(Kappa=0.895)。结论与讨论:gyr A基因第74、90、94位密码子的突变与结核分枝杆菌对氧氟沙星药耐药有关,喀什分离株存在74位新突变位点。用DNA测序技术分析结核分枝杆菌gyr A基因氧氟沙星耐药相关突变对判断结核分枝杆菌氧氟沙星类药物耐药性具有较高的灵敏度和特异性,可为结核分枝杆菌氟沙星耐药性诊断提供依据。以比例法药敏试验结果作为参照,利用DNA测序技术检测结核分枝杆菌氧氟沙星耐药的敏感性和特异性分别为87.5%和99.4%。影响该检测方法敏感性的原因是有2株喀什地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株gyr A基因喹诺酮耐药决定区不存在已知类型的耐药突变,其耐药机制有待进一步研究。更多还原