纽荷尔脐橙和温州蜜柑内生细菌富集方法的比较

【作者】 吴思梦； 刘冰； 蒋军喜； 周英； 鄢明峰；

【机构】 江西农业大学农学院；

【摘要】 柑橘溃疡病是一种重要的检疫性病害,该病对柑橘品种的选择性较强。在探索柑橘内生细菌在寄主品种抗溃疡病的作用中,用分子生物学方法研究植物内生细菌菌群结构时,植物叶绿体DNA通常会产生较大的干扰。为了解决这个问题,本研究以温州蜜柑和纽荷尔脐橙的叶片和果实为材料,样品组织表面消毒后经过溶液A（离析酶R-10+纤维素酶R-10+0.25 mol/L蔗糖）、溶液B（离析酶R-10+纤维素酶R-10+12.8%甘露醇+0.12%MES+0.36%CaCl₂·2H₂O+0.011%NaH₂PO₄）和对照溶液C（0.25mol/L蔗糖）静置后,轻微震荡离心管后置于37℃培养箱中培养3h。200×g离心5min,重复离心3次,收集上清液,16500×g离心20min,弃上清液,用全式金EasyPure Bacteria Genomic DNA Kit提取宏基因组DNA,并应用Illumina HiSeq平台测序,分析对比样品中的细菌菌群组成。分析结果表明:脐橙叶片经过溶液A处理,植物叶绿体DNA占内生细菌基因组DNA的比例更少;脐橙果实、蜜柑果实和叶片经过溶液B处理后,植物叶绿体DNA占内生细菌基因组DNA的比例更少;相比于C处理,样品经过A或B处理能增加OTU分类单元数量,获得内生细菌的更多种类。果实内生细菌主要分布于变形菌门,脐橙和蜜柑果实经A、B两种方法获得的变形菌门含量均明显高于C;叶片内生细菌主要分布于变形菌门、厚壁菌门,脐橙叶片经三种方法获得的变形菌门和厚壁菌门总含量没有显著性差异,而蜜柑叶片经A、B两种方法获得的总含量均明显高于C。由此可以得出,用溶液A或B对柑橘组织进行预处理,其内生细菌能够更好地被富集,有效减少柑橘叶绿体DNA的干扰。本实验结果可为柑橘及其他植物内生细菌的研究提供参考依据。更多还原