小麦荧光原位杂交寡核苷酸探针的全基因组开发

【作者】 郎涛； 李光蓉； 王宏晋； 李建波； 唐宗祥； 符书兰； 杨恩年； 杨足君；

【机构】 电子科技大学生命科学与技术学院； 四川农业大学农学院； 四川省农业科学院作物科学研究所；

【摘要】 随着"中国春"小麦基因组参考序列的完成,对小麦功能基因组学研究和分子育种研究具有重要的推动作用。然而小麦基因组中达80%以上重复序列,为小麦染色体组的结构变异分析,以及小麦染色体工程方法创制的新种质准确鉴定带来了困难。我们建立了一个网络服务器,该服务器基于BLAST的小麦基因组,获得高分值片段对(HSPs),按相似度和覆盖率进行筛选,计算出每Mbp的重复数,最后在染色体上进行作图。首先我们利用着丝粒重复序列对染色体的长短臂进行了划分,并对已知的寡核苷酸探针进行了验证,发现全部的串联重复序列通过网页服务器在染色体上分布预测,与染色体荧光原位杂交的结果基本一致。因此可以将寡核苷酸探针的原位杂交信号,通过该网页将其物理位置和拷贝数定位在染色体的基因组图谱中。我们利用重复序列查找软件获得的寡核苷酸探针,成功用于六倍体小黑麦、小簇麦、八倍体小偃麦,及其与小麦杂交后代的鉴定之中。建立的多种类型探针可以辅助小麦-外源导入系的染色体局部断裂位点鉴定,以及重复序列在远杂交和分子育种过程中重排分析,为实现基因组学与麦类分子细胞遗传学的紧密结合奠定了基础。服务器链接地址为http://mcgb.uestc.edu.cn/b2dsc。更多还原