一株猪流行性腹泻病毒毒株M、N基因的分子进化特征分析

【作者】 董波； 杨小燕； 戴爱玲； 李晓华； 洪文静； 苏冰倩； 陈晶； 曹雪珍；

【机构】 龙岩学院生命科学学院；

【摘要】 引言猪流行性腹泻病毒(PEDV)是引起猪流行性腹泻的致病原,主要感染哺乳仔猪,感染率和病死率极高,已引起养猪业的高度重视。在国内,由PEDV引发的猪流行性腹泻最早于1976年就有报道,之后,在我国的多个省市均有该病的发生,给养猪业造成了不小的经济损失。因此,了解PEDV的流行特点是必要的,对于疫情的防控具有重要意义。本研究从发生猪流行性腹泻的猪场分离到一株PEDV,对其M基因和N基因进行了序列测定和遗传进化分析,为了解PEDV福建闽西地区流行毒株的特点,阐明福建闽西地区流行毒株的遗传变异规律,分析我国PEDV地方毒株的遗传演化提供基础资料。材料与方法从福建闽西地区某猪场的腹泻症状死亡病猪小肠及内容物中分离出猪流行性腹泻病毒。参考GenBank上已发表的PEDV M基因和N基因序列,分别设计特异性引物,扩增PEDV M基因和N基因,克隆至pUM-19T Cloning Vector,进行序列测定。应用DNAman、DNAstar、MEGA5.2分子生物学软件,分别对M基因和N基因进行同源性分析,阐明分离毒株的遗传变异规律。结果与讨论将分离毒株M基因与其它代表性毒株M基因进行氨基酸同源性比较后发现,分离毒株与2012年广东分离毒株GD-B的同源性为100%,与经典毒株CV777、LCZ以及韩国毒株DR13 M基因的同源性分别为:96.9%、97.8%和97.8%。与2010年以后中国分离毒株的同源性均在99%以上,与2013年美国毒株的同源性也均在99%以上。遗传进化分析表明,分离毒株与2012年广东分离毒株GD-B的亲缘性较高,与经典毒株CV777、LCZ以及韩国毒株DR13的亲缘性较远。与2012年以后在中国分离毒株的亲缘性较高,与2013年美国毒株亲缘性也较高。将分离毒株N基因与国内外已报道的代表毒株N基因进行氨基酸同源性比较和遗传进化分析,分离毒株N基因与经典毒株CV777、LCZ以及韩国毒株DR13 M基因的同源性分别为:95.7%、95.2%和96.1%,与2012年中国分离毒株BJ-2011-1的同源性最高,为98.6%。分离毒株与2012年中国分离毒株BJ-2011-1的亲缘性较近,而与经典毒株CV777、LZC以及韩国毒株DR13的亲缘性较远,与2012年以后中国分离毒株以及2013年美国毒株亲缘性均较高。以上结果表明,闽西地区分离毒株与2010年以后国内分离出的PEDV变异毒株的亲缘性较近,属于2010年后国内分离变异毒株。更多还原