建鲤基因组中一个ty3-gypsy反转录转座子的发现与鉴定

【作者】 丁炜东； 曹丽萍； 曹哲明； 邴旭文；

【机构】 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业部淡水渔业和种质资源利用重点实验室；

【摘要】 在前期研究中发现建鲤(Cyprinus carpio var.jian)基因组中存在一个ty3-gypsy反转录转座子类型的转座子,并将其命名为JRE转座子(Cyprinus carpio viar jian Retrotransposon,JRE)。JRE反转录转座子全长5126bp,具有5’端470bp和3’端453bp长末端重复片段(Long terminal repeat end,LTR),中间的开放阅读框(ORF)编码核心蛋白(GAG)和酶基因区域(POL),其长度为4203bp。POL基因具有典型的ty3-gypsy反转录转座子结构,基因顺序为PR-RT-RH-IN基因,对POL基因的同源分析表明其与虾夷扇贝、栉孔扇贝、大堡礁海绵和斑剑尾鱼同源相似性分别为40.7%、40%、32.8%和30.1%,因此JRE可能属于JULE反转录转座子家族。采用实时定量PCR对JRE转座子在建鲤基因组内的拷贝数进行了测定,结果表明其拷贝数为124,同时对不同组织中的m RNA表达量的研究表明JRE转座子在肾脏和肝脏中相对表达量较高。更多还原