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胡椒EST-SSR标记的开发和应用
【机构】 中国热带农业科学院香料饮料研究所； 农业部香辛饮料作物遗传资源利用重点实验室； 海南省热带香辛饮料作物遗传改良与品质调控重点实验室；
【摘要】 通过分析NCBI数据库中的胡椒转录组数据,共得到unigene 23524条,其中618条unigene中检测到643个EST-SSR位点,SSR发生频率为2.63%,平均分布距离为12.86 kb。在643个EST-SSR中,二、三核苷酸重复是主要重复类型,分别占27.84%和69.36%,其中(AG/CT)n、(AAG/CTT)n出现频率最高,(NNN/NNN)5类型占EST-SSR位点的42.90%。利用PRIMER3.0设计358对引物,随机合成45对引物,并选用其中11对扩增较好多态性的引物,对43份胡椒种质的遗传多样性进行初步检测,构建聚类分析树状图。研究结果表明,胡椒EST-SSR标记的开发是可行的,并能够有效的用于胡椒遗传分析研究,具有较高的应用价值。
【基金】 国家自然科学基金“胡椒种质资源遗传多样性与分子身份证研究”(31201263);农业部热带作物种质资源保护项目“胡椒种质资源保护”(13RZZY-13)
- 【会议录名称】 2014年中国作物学会学术年会论文集
- 【会议名称】2014年中国作物学会学术年会
- 【会议时间】2014-10-29
- 【会议地点】中国江苏南京
- 【分类号】S573.9
- 【主办单位】中国作物学会