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基于Cytoscape Web技术实现生物医学网络的XGMML格式数据网页可视化
Realizing Web Pages Visualization of XGMML Biomedical Network Based on Cytoscape Web Technology
【作者】 崔凯;
【导师】 郑光;
【作者基本信息】 兰州大学 , 计算机技术(专业学位), 2015, 硕士
【摘要】 生物医学网络的可视化可以帮助研究者更加直观,充分的了解到生物医学网络中分子之间的互相作用关系。本文采用了一些系列前后相接的技术方案。首先,利用C#的StreamReader类和Xm1Reader类分别完成了原始的TXT和XML数据文档导入MS SQL 2008R2的IntAct和UniProt数据库工作。再用T-SQL语言查询IntAct和UniProt数据库完成了相关TXT生物学数据网络的生成工作。又将相关TXT生物学数据网络通过C#编程处理转换成为Cytoscape Web支持呈现的XGMML数据文档格式。最后用HTML, JavaScript, Cytoscape Web相关技术完成了XGMML数据文档的网页呈图工作。最终,整个过程完成了从生物医学网络相关原始数据交换文档原始格式XML和TXT到XGMML生物医学数据文档网络网页呈图。本文提供了一套从生物医学数据交换的原始格式XML和TXT数据文档到XGMML生物医学网络数据文档网页呈图的可视化参考方案,为研究者对于研究成果的直观展示和及时信息分享提供了极大的便利。
【Abstract】 In this dissertation, biomedical network visualization can help researchers more intuitively, fully understand the relationship among the interactions of molecules in biological medical network.This dissertation uses a series of interconnected technical schemes. Using the c# StreamReader class and XmlReader class to convert original TXT documents and XML data into MS SQL 2008 R2 database. Using T - SQL language in the database to generate related TXT biological data network. Using related TXT biological data network and the C# to generate XGMML data formats supported by Cytoscape Web. Finally using HTML, JavaScript and Cytoscape Web to generate web page visualization. In the end, converting biomedical network of format XML and TXT into web page visualization successfully.This dissertation provides a set of ideas which convert XML and TXT data into the biomedical network figure in web page. For researchers who need visual display and timely information sharing provides a great convenience.
【Key words】 biomedical network; visualization; Cytoscape Web; C#; XGMML;