高效siRNA的设计分析

【摘要】 RNA干扰(RNAi)介导的基因沉默已成为基因功能分析的高效工具,设计出高效的siRNA是RNA干扰(RNAi)成功的关键,但现有的siRNA设计规则存在许多不一致性,使得高效siRNA设计困难重重。为了对这些设计规则进行进一步的验证并探讨不同设计规则在高效siRNA设计中的价值,研究设计了9条靶向zfy基因(zfy-1、zfy-2、zfy-3、zfy-4、zfy-5、zfy-6、zfy-7、zfy-8、zfy-9)和4条靶向zfx基因(zfx-1、zfx-2、zfx-3、zfx-4)的siRNA并构建了重组载体,转染28~32日龄仔猪睾丸组织分离的猪生精细胞,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测zfy和zfx基因mRNA的表达。结果表明:每个siRNA对靶基因的下调水平不同,zfy-9的沉默效率最高,为89%,zfy-1、zfy-2、zfy-3、zfx-1对靶基因的表达没有沉默作用。通过对13个siRNA序列特征进行分析表明,在siRNA设计中符合越多的碱基偏好性准则,沉默效率越好;但是不同的准则重要性不同,siRNA反义链中第10位的U和第13位的A/U对高效siRNA设计更有作用,应优先考虑;靶位点的选择对高效siRNA的设计也有重要作用。更多还原