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跨膜蛋白结构预测新方法

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【作者】 刘宏德； 王睿； 卢小泉； 陈晶； 刘秀辉； 丁兰；

【机构】 西北师范大学化学化工学院； 西北师范大学生命科学学院 兰州730070； 兰州730070；

【摘要】 基因组数据中大约有20%～30%的基因产物被预测为膜蛋白,膜蛋白是一类具有重要生物功能的蛋白质.预测膜蛋白跨膜区的数量和位置是生物信息学中重要的研究课题.提出了一种预测膜蛋白跨膜区的新方法——连续小波变换极大值谱(MSCWT).该法对8种SARS-CoV膜蛋白的预测准确度与常用膜蛋白预测软件TMpred相当,对MPtopo数据库中131种新的已知结构的螺旋束蛋白(共包含548个跨膜区)的预测显示,其跨膜螺旋区预测准确率为91.6%,膜蛋白序列的预测准确率为89.3%.

【关键词】 连续小波变换极大值谱(MSCWT)； 膜蛋白； 跨膜区；
【基金】 国家自然科学基金(批准号:20775060,20335030);第4届教育部高校青年教师奖;甘肃省高分子重点实验室资助项目
  • 【文献出处】 科学通报 ,Chinese Science Bulletin , 编辑部邮箱 ,2007年23期
  • 【分类号】Q51
  • 【被引频次】11
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