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茶树EST资源中SSR的信息分析

Analysis of SSR Information in EST Resource of Tea Plants(Camellia sinensis)

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【作者】 金基强； 李素芳； 龚晓春； 卢美贞； 姚艳玲； 忻雅； 崔海瑞；

【Author】 JIN Ji-qiang~1 LI Su-fang~2 GONG Xiao-chun~1 LU Mei-zhen~1 YAO Yah-ling~1 XIN Ya~1 CUI Hai-rui~(1*) (1.Institute of Nuclear and Agricultural Sciences,Zhejiang University,Hangzhou 310029,China;2.College of Life Science,China Jiliang University,Hangzhou 310018,China)

【机构】 浙江大学原子核农业科学研究所； 中国计量学院生命科学学院； 浙江大学原子核农业科学研究所 杭州310029； 杭州310018； 杭州310029；

【摘要】 从NCBI公共数据库下载获得1989条茶树EST,去除其中的低质量的和冗余的序列,得到全长为734．54 kb的1589条无冗余EST。共在这些序列中发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17．68%。这些EST-SSR的平均长度为33．06 bp,平均分布频率是1/2．61 kb。茶树EST—SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。本研究为茶树EST-SSR标记的建立和进一步应用奠定了基础。

【Abstract】 1989 ESTs of tea plants were downloaded from the public database of NCBI and some of them redundant or with low quality were removed,finally resulting in 1589 non-redundant ESTs with total length of 734.54 kb.Totally 281 SSRs distributed in 246 ESTs were mined out,accounting for 17.68% of the non-redundant ESTs.The average length of tea plants EST-SSRs searched is 33.06 bp and the average distance of distribution is 1/2.16 kb.The dinueleotide repeat is the dominant type with repeat motif AG/CT being the most common.The result in this paper provides a base for the development and future application of EST-SSR markers in tea plants.

【关键词】 茶树； EST-SSR； 频率； 特性；
【Key words】 Tea plants； EST-SSR； Frequency； Speciality；
【基金】 杭州市农业科学院资助项目(I20504)
  • 【文献出处】 科技通报 ,Bulletin of Science and Technology , 编辑部邮箱 ,2006年04期
  • 【分类号】S571.1
  • 【被引频次】33
  • 【下载频次】222
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