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甄氏外瓶霉的核糖体基因分型研究

Population studies of Exophiala jeanselmeis by sequence analysis in the ribosomal DNA

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【作者】 李东明; 李若瑜; 王晓红; 万喆; 马圣清; 王端礼;

【Author】 LI Dong-ming 1,2 , LI Ruo-yu 1,3△ , WANG Xiao-hong 1,3 , WAN Zhe 1,3 , MA Sheng-qing 1,3 , WANG Duan-li 1,3 (1. Systematic Mycology & Lichenology Laboratory, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100080, China;2. Department of Dermatology, Peking University Third Hospital; 3. Department of Dermatology, Peking University First Hospital; Peking University Research Center for Medical Mycology)

【机构】 中国科学院微生物研究所真菌地衣系统学重点实验室,中国科学院微生物研究所真菌地衣系统学重点实验室,中国科学院微生物研究所真菌地衣系统学重点实验室,中国科学院微生物研究所真菌地衣系统学重点实验室,中国科学院微生物研究所真菌地衣系统学重点实验室,中国科学院微生物研究所真菌地衣系统学重点实验室 北京100080,北京大学第三医院皮肤科,北京100080; 北京大学真菌和真菌病研究中心,北京大学第一医院皮肤性病科,北京100080; 北京大学真菌和真菌病研究中心,北京大学第一医院皮肤性病科;

【摘要】 目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提取DNA,常规PCR扩增核糖体基因及其转录间隔区,应用DNA多序列分析等方法进行研究。结果:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区变异较大,DNA序列分析显示,不同来源、不同致病性的甄氏外瓶霉可分为 7型,个别菌种与其他甄氏外瓶霉的遗传距离较大。结论:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区序列变异较大,个别菌株的归属有待于进一步研究。

【Abstract】 Objective: To study the populations of Exophiala jeanselmei strains from diverse sources using rDNA sequences. Methods: Tested strains included 20 isolates of Exophiala jeanselmei (type culture, reference culture, clinical and environmental isolates), 8 isolates of E. moniliae, 1 isolate of Exophiala werneckii, respectively. DNA was isolated with boiled-iced water method. Ribosomal DNA and its internal transcribed spacer regions were amplified and analyzed with sequencing. Results: The ribosomal genes of E. jeanselmei varied greatly. Twenty strains of this species were divided into 7 types. The genetic distances of some strains in this species were quite long. Conclusion: The ribosomal RNA genes and their internal transcript sequences vary more widely than those of the other species in this genus.

【关键词】 外小杯菌; DNA,核糖体; 基因型; 真菌;
【Key words】 Exophiala; DNA, ribosomal; Genotype; Fungus;
  • 【文献出处】 北京大学学报(医学版) ,Journal of Peking University(Health Sciences) , 编辑部邮箱 ,2005年02期
  • 【分类号】R346
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