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利用DNA序列构建系统树的方法

The Methods of Constructing Phylogenetic Trees with DNA sequences

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【作者】 李涛赖旭龙钟扬

【Author】 LI Tao~1, LAI Xu-Long~1, ZHONG Yang~2 (1.Faculty of Earth Sciences, China University of Geosciences, Wuhan 430074, China; 2.School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai 200433, China)

【机构】 中国地质大学地球科学学院复旦大学生命科学学院 武汉430074武汉430074上海200433

【摘要】 利用DNA序列进行系统发生分析是分子进化研究的必要手段。构建系统树的方法有距离法、简约法、最大似然法以及贝叶斯推断法等。要解决特定的系统发生问题,首先要挑选合理的分类群及序列,尽量减少数据的偏倚,然后选择构树方法,最后还要对结果进行评价并给出进化学上的解释。通过讨论挑选数据的原则及存在的问题,介绍了几种构树方法的基本原理及步骤,并列举了它们的优缺点。

【Abstract】 Construction of phylogenetic trees is a key means in molecular evolutionary studies. The methods of constructing phylogenetic trees include the distance-based methods, parsimony, maximum likelihood, and Bayesian inference methods. To resolve a special problem about phylogeny, several notices are necessary: first, to select the reasonable data at less bias as possible; second, to choose the proper method to reconstruct phylogenetic tree; third, to evaluate the conclusions and explain them on the field of evolution. The present paper provides a brief introduction of the principles of data selection and tree-construction methods, and discusses about their advantage and disadvantage points.

【基金】 国家自然科学基金项目(40172005)资助~~
  • 【文献出处】 遗传 ,Hereditas(Beijing) , 编辑部邮箱 ,2004年02期
  • 【分类号】Q11
  • 【被引频次】147
  • 【下载频次】2137
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