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配体活性构象搜寻方法及其应用研究——Ⅰ.搜寻方法及凝血酶抑制剂活性构象的搜寻

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【作者】 蒋华良； 陈凯先； 陈建忠； 顾健德； 胡增建； 刘东祥； 王沁泌； 王蔚； 赵善荣； 戎锁宝； 杨玉社； 朱维良； 嵇汝运；

【机构】 中国科学院上海药物研究所； 中国科学院上海药物研究所 新药研究国家重点实验室； 上海200031； 新药研究国家重点实验室； 上海200031；

【摘要】 在综合系统构象搜寻和配体-生物大分子对接(Dock)方法的基础上,发展了根据受体活性部位三维结构搜寻配体活性构象的搜寻方法BCSPL.用此方法搜寻了凝血酶抑制剂PPACK的活性构象,结果与晶体结构非常吻合,又用此方法搜寻了膦酰肽类和二肽、三肽类凝血酶抑制剂与人体α凝血酶结合时的活性构象,并在此基础上用分子力学计算了抑制剂与凝血酶的结合能,结果表明结合能与活性有很好的相关性,计算结果能合理地解释抑制剂与凝血酶的相互作用方式及结构与活性的关系.

【关键词】 配体-受体相互作用； 构象搜寻； 活性构象； 凝血酶抑制剂；
【基金】 国家“八六三”高科技计划资助项目
  • 【文献出处】 中国科学(B辑 化学) ,Science in China,Ser.B , 编辑部邮箱 ,1997年05期
  • 【分类号】R914
  • 【被引频次】13
  • 【下载频次】220
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