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微机快速确定核酸及蛋白质序列的同源性

Rapid Detection of Protein and Nucleic Acid Homology with Microcomputer

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【作者】 李鸣; 杨晓峰; 王虹; 秦红星; 郭仁;

【Author】 Li Ming, et al (Institute of Medical Biology, Kunming)

【机构】 中国医学科学院医学生物学研究所; 中国医学科学院医学生物学研究所 昆明; 昆明; 昆明;

【摘要】 <正> 分子生物学技术的进步澄清了许多蛋白质和核酸序列。用电子计算机快速比较及处理序列资料,不仅可获得一些用其他方法难以发掘的结论,而且对于研究生物进化和起源,建立新的生物系统和分类学,促进整个生命科学研究的现代化将起着积极作用。以往比较序列同源性均采取点矩阵方法,即将一个序列上的每一组分(核苷酸或氨基酸)与另一序列上的每一组分(核苷酸或氨基酸)进行比较。如果两序列很长,就需在计算机存储器中存入一个很大的方阵,而一般微机的内存仅为12KB,最大只能允许110×110

【Abstract】 Processing sequences of biologically- important proteins and nucleic acids by means of computer is very important in further studies on life evolution and establishment of new systematics. In this paper, the authors attempted to develop and use algorithm, including a look-up table and combination of window with offset matrix within window for rapid detection of homology between two long sequences with BASIC program in a microcomputer. Moreover, the new algorithm and program avoided storing big matrix and long-time calculation. The microcomputer could also seek and locate automatically insertions and deletions of two comparing sequen’ces occurring in life evolution according to the new algorithm.

  • 【文献出处】 中国医学科学院学报 ,Acta Academiae Medicinae Sinicae , 编辑部邮箱 ,1988年03期
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