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基于ABEEMσπ模型能量求解并行处理的研究  
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【英文题名】 Research on Parallel Processing of the Energy in Biomacromolecules by ABEEMσπ Model
【作者】 滕人达;
【导师】 刘青昆;
【学位授予单位】 辽宁师范大学;
【学科专业名称】 计算机软件与理论
【学位年度】 2011
【论文级别】 硕士
【网络出版投稿人】 辽宁师范大学
【网络出版投稿时间】 2011-12-22
【关键词】 并行计算; 多线程; MPI; OpenMP; Thread-checking; 分子动力学模拟;
【英文关键词】 Parallel Computer; Multi-thread; MPI; OpenMP; Thread-checking; Molecular dynamics simulations;
【中文摘要】 目前,分子动力学模拟是应用前景最广泛的计算大型复杂生物体系的方法之一。伴随着分子力学模拟技术的的飞速发展,分子动力学模拟技术应用在许多生物大分子体系中,如水分子化合物、多肽化合物、多糖等。该技术使得多种大型复杂生物体系的多种物理化学性质在计算时的准确性都有大幅度提升。分子动力学模拟是将这些力场及牛顿运动力学原理通过计算机模拟而发展起来的一种新兴的计算方法。动力学模拟的优点在于为模拟环境中粒子的运动提供正确的理论根据,并可同时获得系统的动力学及其它的统计资料;模拟结果的准确性较高,普遍的适用于多种系统及各种特性的研讨中。本文给出了力场中能量求解并行化的设计和实现方法。其主要工作有: 1对ABEEMσπ力场模型中能量求解的串行程序代码进行分析。ABEEMσπ生物大分子体系模型力场中能量的求解,即求体系中所有原子、σ键、孤对电子、π键位点之间的能量之和。原程序中求解能量项采用串行的嵌套多层迭代来实现,这种方法求解大分子体系的能量作用项时需要很长时间,使研究问题的效率有所降低。 2针对大分子体系下能量求解的弊端,提出了针对ABEEMσπ力场模型并行化的处理方案。将MPI+OpenMP混合并行方法应用到...
【英文摘要】 Currently, Molecular dynamics simulation is the prospect of large and complex calculation of the most widely used methods of biological systems. Along with the molecular mechanics simulation of the rapid development of technology, molecular dynamics simulation technique used in many biological systems, biological macromolecules, such as water molecules, peptide compounds, polysaccharides and so on. The technology enables a variety of large and complex biological systems in a variety of physical and chemical...
【更新日期】 2012-01-06

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