【英文题名】
Study on the Assembly and Polymorphism of Volvariella Volvacea Mitochondrial Genome
【作者】
张顺萍 ;
【导师】
谢宝贵 ;
【学位授予单位】
福建农林大学 ;
【学科专业名称】
微生物学
【学位年度】
2011
【论文级别】
硕士
【网络出版投稿人】
福建农林大学
【网络出版投稿时间】
2011-10-08
【关键词】
草菇 ;
线粒体基因组 ;
序列组装 ;
多态性 ;
【英文关键词】
Volvariella volvacea ;
mitochondrial genome ;
sequence assembly ;
polymorphism ;
【中文摘要】
本研究利用生物信息学拼接软件Velvet和Codoncode Aligner对草菇V23-8线粒体基因组的测序reads数据进行了组装拼接。组装结果得到五个片段,分别为contig4, contig5v, conti3, contig2, contig1,后又利用Primer Premier5.0软件设计四对引物L11-1,L12-1,L13,L14对草菇V23-8的mtDNA进行PCR扩增、测序、验证后,将五条片段进行连接得到一条长度为约65Kb的片段。
选取了24个不同草菇菌株进行了初步的研究。根据线粒体基因组拼接序列白行设计17对非编码区引物,利用设计的引物对提取的24株草菇mtDNA进行PCR扩增检测,将图形资料转换成数据资料后,运用DPS软件采用Jaccard聚类距离中的类平均法(UPGMA)进行0-1数据系统聚类分析,得到系统聚类图。结果显示24个草菇菌株间的相异系数范围在0-0.83之间,在D=0.55的相异系数水平上,24个草菇菌株可以分为7类,其中包括4个复合类群和3个单独类别。从而确立了这种mtDNA分子标记和形态学分类、DNA分子标记相结合来鉴定草菇菌株遗传距离远近的鉴别方法,...
【英文摘要】
In this research, we gain five fragments with using Velvet and Codoncode Aligner software re-assembled the Volvariella volvacea V23-8 mitochondrial genome sequencing reads, including contig4, contig5v, contig3, contig2 and contigl. Though design four pairs of primers L11-1, L12-1, L13, L14 by using Primer Premier 5.0 software. Then get about 65kb fragment on the PCR amplified detection.
PCR amplified the 24 Volvariella volvacea strains using design 17 pairs of non-coding region primers.We get the phylo...
【更新日期】
2011-11-10
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