扁桃及其它李属物种微卫星序列（SSR）突变机制和进化模式分析-中国优秀硕士学位论文全文数据库

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扁桃及其它李属物种微卫星序列（SSR）突变机制和进化模式分析

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【英文题名】	Mutation Mechanisms and Evolutionary Patterns of Microsatellite Sequences in Common Almond (Prunus Amygdalus L.) and other Prunus Species
【作者】	隋毅;
【导师】	马荣才; 谢华;
【学位授予单位】	首都师范大学;
【学科专业名称】	遗传学
【学位年度】	2005
【论文级别】	硕士
【网络出版投稿人】	首都师范大学
【网络出版投稿时间】	2005-07-07
【关键词】	微卫星; 突变模式; 分子进化; 李属; 扁桃;
【英文关键词】	SSR; mutation pattern; molecular evolution; almond; Prunus sp.;
【中文摘要】	3864个扁桃EST序列经序列拼接后共得到1633个片段重叠群(contig)。利用MISA软件分别从冗余和非冗余序列中筛选SSR-EST序列,结果发现有59.09%(965个)非冗余EST含有SSR标记(EST-SSR),标记间平均间隔距离为1.0kb。拼接前后SSR-EST含量比例相差不大。非冗余SSR-EST中以单核苷酸重复类型最多,双、三核苷酸重复的SSR分布较均匀,但远远低于单核苷酸重复数。在双核苷酸重复类型中AG/TC含量最高为73.03%,在三核苷酸重复类型中AAC/GTT含量最高。为了研究扁桃和其它李属物种SSR的进化模式和突变机制,随机挑选6个EST-SSR(ASSR63、ASSR72、ASSR60、ASSR4、ASSR61和ASSR17)和2个源于桃基因组的SSR(BPPCT010和BPPCT026)座位对56份李属材料包括38份栽培扁桃、6份扁桃野生种和12份李属其它物种进行SSR多态性分析,对所有8个座位中栽培扁桃的等位变异进行片断回收、克隆和测序。共获得158个PCR片断,共计56个等位变异片断。除此之外,对其中4个座位(ASSR63、ASSR61、AS...
【英文摘要】	Expressed sequence tag (EST) derived simple sequence repeats ( SSRs, microsatellites) were screened and identified from 3864 almond EST sequences, and the spectra of SSRs in the non-redundant EST sequences from 1388 contigs were investigated by MISA software after sequence assembly. 965 (59.09%) SSRs were detected. The EST-SSR occurs every 1.0kb in almond ESTs, and SSRs with mono-repeat motifs are the most abundant in almond. The spectra of di- and trinucleotide repeated SSR types are average and less than ...

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