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茎特异表达基因EST测序分析及RNA微阵列验证  
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【英文题名】 EST Sequencing and RNA Array Analysis of Stem Specific Genes
【作者】 于凤池;
【导师】 汪俏梅;
【学位授予单位】 浙江大学;
【学科专业名称】 蔬菜学
【学位年度】 2003
【论文级别】 硕士
【网络出版投稿人】 浙江大学
【网络出版投稿时间】 2003-07-02
【关键词】 水稻; ; 表达序列标签; 表达谱; RNA微阵列;
【英文关键词】 rice (Oryza saliva L.); stem; expressed sequence tags (ESTs); expression profile; RNA microarray;
【中文摘要】 茎在植物体内水分、无机盐和有机物质的运输中发挥功能,并对水稻的产量和品质具有重大的决定作用。为了对水稻茎中基因表达谱和茎特异基因有一更好地了解,我们以水稻4—5叶期茎为实验材料构建cDNA文库,并对其进行EST测序和生物信息学分析,发现一些高丰度表达基因,为验证这些基因是否为茎特异性基因,选取9个EST克隆为探针,与容量为755个不同水稻表型的RNA微阵列杂交。本研究主要结果如下: 1.从水稻茎cDNA文库中随机挑取4704个克隆进行3’端测序,共获得3652条可读序列,经生物信息学分析,共获得2683条有效ESTs,并对其中2485条3’端具Poly(A)尾的ESTs作进一步分析;另外2630条序列已被GenBank收录。 2.本研究利用自主开发的分析软件DNAuser,结合人工精确判断,对2485条具有Poly(A)尾的序列进行了冗余度分析,共获得1903条独立基因,占全部序列的76.6%。其中低丰度表达基因1591条,占独立基因总数的83.6%;中丰度表达基因282条,占独立基因总数的14.8%;高丰度表达基因30条,占...
【英文摘要】 Rice stem functions in the transportation of water, minerals and organic compounds, and is essential for the yield and quality of rice. We constructed cDNA library for rice stems at the stage of 4-5 leaves, and conducted EST sequencing and bioinformatical analysis for better understanding of gene expression pattern and stem-specific genes. Some highly-expressed genes were isolated in rice stem cDNA library, and nine cDNA probes were used for hybridization with RNA array containing 755 rice bio-phenotypes to...

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导师:汪俏梅    导师单位:浙江大学    学位授予单位:浙江大学
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