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结球白菜结球前期叶片基因表达序列标签(EST)分析  
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【英文题名】 Expressed Sequence Tags (EST) Analysis of the Heading Leaf of Chinese Cabbage (Brassica rapa L.ssp.pekinensis) in the Early Phase of Heading Stage
【作者】 高瑞娟;
【导师】 晏月明; 马荣才;
【学位授予单位】 首都师范大学;
【学科专业名称】 遗传学
【学位年度】 2003
【论文级别】 硕士
【网络出版投稿人】 首都师范大学
【网络出版投稿时间】 2003-06-20
【关键词】 结球白菜(Brassica; rapa; L.ssp.pekinensis); 表达序列标签; 球叶; 片段重叠群; 基因表达谱; 功能分类;
【英文关键词】 Chinese cabbage (Brassica rapa L. ssp. pekinensis); expressed sequence tags (ESTs); heading leaf; contig; gene expression profile; functional category(classification);
【中文摘要】 以实验室先前构建的λZipLox介导的结球白菜结球前期包心叶和球叶cDNA文库为材料,经过cDNA噬菌体克隆向大肠杆菌DH10B的侵染过程,共计获得2967个重组菌株。随机挑选1361个重组菌进行质粒提取和自主测序,所有质粒均获得了良好的测序结果。初步分析表明,插入片段长度小于150bp或者全为polyA的克隆127个,没有任何插入片段的空载体克隆72个,剩余1162个克隆的测序结果用于后续分析。 对1162个EST序列使用DNAStar SeqmanⅡ进行片段重叠群分析后共获得902个非冗余序列(片段重叠群),其中749个由一个EST组成,即单拷贝序列(Singleton),表明结球白菜结球过程中表达的基因种类繁多。 预处理后的1162个EST序列与NCBI非冗余蛋白质和核苷酸数据库进行BLAST比对,共有902个EST编码的蛋白质序列与公共数据库中已登录的蛋白质序列显著同源,其中与功能已知蛋白高度同源的EST 670个,代表471种不同的转录本;232个EST与200种功能未定的假想蛋白有同源性。剩余260个EST与本地化...
【英文摘要】 The heading process is important and unique for the Chinese cabbage (Brassica rapa L.ssp. pekinensis). Expressed sequence tag (EST) analysis would result in a gene expression profile of any unique biological processes. To understand the mechanism of Chinese cabbage heading process, we randomly sequenced over 1000 ESTs from the cDNA library constructed before at our laboratory from Chinese cabbage leaves in the early phase of the heading stage. In order to get the recombinant plasmid DNAs for EST...

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