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碱基与氮甲基乙酰胺相互作用的从头算和ABEEM_(σπ)研究  
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【英文篇名】 Interaction Between Bases and NMA by ab initio and ABEEM_(σπ) Methods
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【作者】 霍红洁; 赵东霞; 杨忠志;
【英文作者】 HUO Hong-Jie; ZHAO Dong-Xia; YANG Zhong-Zhi (School of Chemistry and Chemical Engineering; Liaoning Normal University; Dalian 116029; China);
【作者单位】 辽宁师范大学化学化工学院;
【文献出处】 高等学校化学学报 , Chemical Journal of Chinese Universities, 编辑部邮箱 2011年 12期  
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【中文关键词】 氮甲基乙酰胺(NMA); 碱基; 从头算(ab initio)MP2; ABEEMσπ/MM; 几何结构; 结合能;
【英文关键词】 N-Methylacetamide; Base; ab initio MP2; ABEEMσπ/MM; Geometry; Binding energy;
【摘要】 选取氮甲基乙酰胺(N-Methylacetamide,NMA)和DNA碱基为研究对象,应用ABEEMσπ/MM方法研究了NMA与碱基之间形成的二聚体的几何构型、电荷分布及结合能等性质,并进行了相应的从头算(abinitio)MP2水平研究,在B3LYP/6-311++G(d,p)水平下对结构进行了优化.将2种方法的研究结果进行比较发现,所获得的构型、电荷及结合能之间具有很好的一致性,NMA与DNA碱基相互作用的强度大小依次为:鸟嘌呤>胸腺嘧啶>胞嘧啶>腺嘌呤,且证明了ABEEMσπ/MM模型的参数具有很好的可转移性.
【英文摘要】 DNA replication,repair and recombination must depend on the interaction with the protein.N-methylacetamide(NMA) is one of the typical units in protein.Taking NMA and the bases in DNA as the stu-died objects,the interaction properties including geometry,charge distribution and binding energy of these NMA-base complexes were investigated in terms of the ABEEMσπ/MM method and the ab initio MP2 method.The geometry optimizations were performed at the B3LYP/6-311++G(d,p) level.The results of ABEEMσπ/MM and ab ini...
【基金】 国家自然科学基金(批准号:20873055,21073080和21133005); 辽宁省创新团队项目基金(批准号:2009T057)资助
【更新日期】 2012-01-17
【分类号】 O621.2
【正文快照】 DNA的复制、修复和重组等生物功能的实现,均必须依赖其与蛋白质的相互作用.DNA-蛋白质间的相互作用是生命存在的基本形式,是生命的延续和进化的基础.因此,研究DNA-蛋白质间的相互作用具有重要的意义.通常情况下,生物体内的核酸都与蛋白质结合形成复合物,两者之间形成的氢键在DN

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