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应用ABEEMσπ/MM模型对重组人纤溶酶原Kringle 1结构域与配体分子的对接计算  
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【英文篇名】 Calculation of Complexes of the Recombinant Kringle 1 Domain of Human Plasminogen and Its Ligands by ABEEMσπ/MM Method
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【作者】 张文龙; 陈淑玲; 杨忠志;
【英文作者】 ZHANG Wen-Long; CHEN Shu-Ling; YANG Zhong-Zhi (School of Chemistry and Chemical Engineering; Liaoning Normal University; Dalian 116029; China);
【作者单位】 辽宁师范大学化学化工学院;
【文献出处】 高等学校化学学报 , Chemical Journal of Chinese Universities, 编辑部邮箱 2010年 08期  
期刊荣誉：中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  中国期刊方阵  CJFD收录刊
【中文关键词】 ABEEMσπ浮动电荷分子力场; 重组人纤溶酶原Kringle1结构域; 结合能; 氢键;
【英文关键词】 ABEEMσπ/MM method; Recombinant Kringle 1 domain of human plasminogen; Binding energy; Hydrogen bond;
【摘要】 应用原子-键电负性均衡方法的浮动电荷分子力场(ABEEMσπ/MM),对重组人纤溶酶原Kringle1结构域(K1Pg)与配体ε-Aminocaproic acid(EACA),trans-4-(Aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid(AMCHA),L-Lysine(Lys),7-Aminoheptanoic acid(7-AHA)和Benzylamine进行了半柔性对接计算.用ABEEMσπ/MM模型优化得到的复合物K1Pg/EACA和K1Pg/AMCHA的结构很接近实验晶体结构.此外通过对5种配体与K1Pg结合能的计算,得出5种配体与K1Pg结合能的大小顺序为AMCHA>EACA>7-AHA>Lys>Benzy-lamine,与实验中测得5种配体与K1pg的平衡结合常数K值大小顺序相一致.
【英文摘要】 The semi-flexible docking studies were performed in order to understand the interaction between the recombinant Kringle 1 domain of human plasminogen and five ligands[ε-aminocaproic acid(EACA),trans-4-(aminomethyl) cyclohexane-1-carboxylic acid(AMCHA),L-lysine(Lys),7-aminoheptanoic acid(7-AHA) and benzylamine] by means of ABEEMσπ/MM.The results show that the simulated structure is very close to the crystal structure.The calculated binding energies of the five complexes are in the order of AMCHA>EACA>7-AHA>L...
【基金】 国家自然科学基金(批准号:20633050)资助
【更新日期】 2010-10-09
【分类号】 R341
【正文快照】 人纤溶酶原(Pg)是溶解纤维蛋白(Pm)和溶解血栓过程中关键的酶原前体之一,它由7个相互协调的Kringle(K)结构域组成,其中包含5个同源性很高的结构域K1～K5[1,2].目前,对Pg中的前5个结构域K1～K5与配体之间的相互作用进行了大量实验研究[3,4].应用到的配体主要有ε-aminocaproicac

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