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计算受体和配体结合自由能的新方法  
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【英文篇名】 A new method for calculating binding free energies of receptor and ligand
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【作者】 于玲; 杨忠志;
【英文作者】 YU Ling; YANG Zhong-zhi(School of Chemistry and Chemical Engineering; Liaoning Normal University; Dalian 116029; China);
【作者单位】 辽宁师范大学化学化工学院;
【文献出处】 分子科学学报 , Journal of Molecular Science, 编辑部邮箱 2010年 05期  
期刊荣誉：中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  CJFD收录刊
【中文关键词】 浮动电荷力场方法; 连续介质模型; 结合自由能; 受体和配体;
【英文关键词】 fluctuating charge model; continuum solvent model; binding free energy; receptor and ligand;
【摘要】 利用ABEEMσπ浮动电荷力场与连续介质模型相结合的方法,计算了受体和配体的结合自由能.将结合自由能分解为真空中的力场作用项、溶剂化能量以及熵效应.由于ABEEMσπ/MM方法充分考虑了外界环境发生变化引起的体系中各个位点之间的电荷极化,因而极大地提高了结合自由能的计算精度.利用该方法计算的2个复合物的结合自由能与实验值的偏差均小于0.5kJ/mol.
【英文摘要】 Atom-bond electronegativity equalization method fused into molecular mechanics(ABEEMσπ/MM)as a fluctuating charge(FQ)force field,was combined with the Generalized Born Solvent Accessible surface area(GB/SA)to calculate the binding free energy of receptor and ligand.The binding free energy is divided into molecular mechanical energy(involving internal energy,van der Waals energy,and Columbic energy),solvation energy and entropic effect.Because the charges on atomic,bond and lone pair's sites are variable in ...
【基金】 国家自然科学基金资助项目(20633050,20873055,20703022)
【更新日期】 2010-11-05
【分类号】 R91
【正文快照】 全新药物小分子设计的成功与否,完全依赖于药物与蛋白质结合能力的预测.大多数药物设计的目的是提高受体-配体之间的结合能,提高结合特异性和选择性.因此,准确地预测分子之间的结合自由能是非常必要的.分子动力学模拟计算自由能方法[1]分为2类,第1类包括自由能微扰(FEP)和热力?

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