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山羊EST资源的SSR分析

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【英文篇名】	Analysis of SSR Information in EST Resources of Goat
【下载频次】	★★☆
【作者】	赵传志; 李爱芹; 李长生; 刘波; 夏晗; 王兴军; 贾文斌;
【英文作者】	ZHAO Chuan-zhi1; LI Ai-qin1*; LI Chang-sheng1; LIU Bo2; XIA Han1; WANG Xing-jun1; JIA Wen-bin1(1.High-tech Research Center; Shandong Academy of Agricultural Sciences/ Key Laboratory for Genetic Improvement of Crop; Animal and Poultry of Shandong Province; Jinan 250100; China; 2.Anqiu City Agricultural Bureau; Anqiu 262100; China);
【作者单位】	山东省农业科学院高新技术研究中心/山东省作物与畜禽品种改良生物重点实验室; 安丘市农业局;
【文献出处】	山东农业科学 , Shandong Agricultural Sciences, 编辑部邮箱 2009年 06期期刊荣誉：中文核心期刊要目总览 ASPT来源刊中国期刊方阵 CJFD收录刊
【中文关键词】	山羊; EST-SSR; 分子标记;
【英文关键词】	Goat; EST-SSR; Molecular marker;
【摘要】	为充分利用现有数据库中的EST资源开发山羊的分子标记,以期为研究山羊的遗传多样性和利用分子标记辅助选育山羊品种奠定基础,对NCBI dbEST数据库中13 497个EST进行聚类分析,获得1 999个Contig和5 182个singlets,利用软件MISA对此7 181个uni-EST进行SSR分析,共发现483个EST-SSR,出现频率为6.73%,平均每10 kb就出现一个SSR,这些SSR的长度介于12~174 bp之间,平均长度为20.46bp,其中二核苷酸和三核苷酸SSR是主要的重复类型,占所有EST-SSR的81.99%。山羊EST-SSR一共有59种重复基元,其中出现最多的是AC/GT,占所有EST-SSR的21.5%。表明山羊EST-SSR出现频率高、种类丰富,而且58%的含有SSR的EST编码已知功能的蛋白,具有较高的应用价值。
【英文摘要】	In order to make full use of the EST resources in the present database to develop the goat molecular markers for genetic diversity study and molecular marker-assistant selection,13 497 goat EST sequences from NCBI database were analyzed by cluster analysis,and 1 999 contigs and 5 182 singlets were obtained.Then they were analyzed for SSRs by software MISA.483 microsatellite sequences were identified,which amounted to 6.7% of the total uni-ESTs.The average distance distribution of EST-SSRs was 10 kb and the ...
【基金】	山东省中青年科学家科研奖励基金(2004BS06009)
【更新日期】	2009-08-27
【分类号】	S827
【正文快照】	山羊在我国分布地区广、品种资源丰富,其中有很多属于原始品种,遗传资源丰富。我国的山羊养殖在世界山羊养殖业中占据重要地位,山羊的数量、产肉量、生皮产量、山羊绒产量等均居世界第一。但我国山羊的良种化程度很低,影响了山羊产业的发展,因此加强山羊育种及相关基础研究非常

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