激光显微切割分离细胞的微量RNA质量鉴定体系的建立-中国学术期刊网络出版总库

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激光显微切割分离细胞的微量RNA质量鉴定体系的建立

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【英文篇名】	Establishment of the pipeline for RNA quality assessment from the cells obtained by laser capture microdissection
【下载频次】	★★★★★
【作者】	杨燕青; 张雯; 张宝峰; 郜恒骏; 张庆华;
【英文作者】	YANG Yan-Qing 1; 2; ZHANG Wen 2; ZHANG Bao-Feng 2; GAO Heng-Jun 2; ZHANG Qing-Hua 1; 2 1.State Key Laboratory of Medical Genomics and Shanghai Institute of Hematology; Ruijin Hospital; Shanghai Jiao Tong University School of Medicine; Shanghai 200025; China; 2.National Engineering Center for Biochip at Shanghai; Shanghai 201203;
【作者单位】	上海交通大学医学院附属瑞金医院上海血液学研究所; 医学基因组学国家重点实验室; 生物芯片上海国家工程研究中心;
【文献出处】	遗传 , Hereditas, 编辑部邮箱 2008年 11期期刊荣誉：中文核心期刊要目总览 ASPT来源刊 CJFD收录刊
【中文关键词】	激光显微切割; RT-PCR; RNA完整性; 质量鉴定;
【英文关键词】	laser capture microdissection(LCM); RT-PCR; RNA integrity; quality assessment;
【摘要】	探索一套激光显微切割(Laser capture microdissection,LCM)分离细胞后获得的微量RNA质量鉴定标准操作流程。选取3个低温保存的胃癌旁组织样本,冰冻切片进行甲酚紫染色和病理学检查,利用激光显微切割技术分离非癌上皮细胞,提取RNA并以Agilent 2100生物分析仪鉴定RNA的纯度和完整性。同时,选择高、中、低3种不同表达丰度的6个基因(EF1A,ACTB,GAPHD,B2M,MED1,CK20),在每个基因的5′和3′端设计引物,RT-PCR扩增。以3个培养细胞制备的高质量RNA和3个有降解的胃癌旁组织样本RNA作对照,RT-PCR扩增结果与Agilent 2100生物分析仪的结果高度一致。结果显示冻存组织进行冰冻切片结合病理学检查后,LCM获取细胞提取微量RNA采用RT-PCR进行质量鉴定是一种操作简单的稳定方法,可以作为肿瘤基因组研究的有效和常规方法。
【英文摘要】	We developed a standard protocol for quality assessment of low amount RNA from the cells obtained by laser capture microdissection(LCM).Three gastric noncancerous tissues were cryo-sectioned,stained with Cresyl Violet,and pathologically rechecked.Epithelial cells were obtained by LCM and RNA was isolated.Agilent 2100 bioanalyzer was used to check the RNA quality.To validate the results from 2100 bioanalyzer,RT-PCR was performed with six genes at both 5′ and 3′end-regions of different abundance(EF1A and ATCB...
【基金】	国家重大科学研究计划项目(973计划)(编号:2006CB910402); 国家高科技发展计划项目(863计划)(编号:2002AA2Z2002); 上海市科技发展基金计划项目(编号:05XDB1404,0402H1P19,07JC14041); 浦东新区科技发展基金项目(编号:PKJ-2005-49)资助~~
【更新日期】	2008-11-28
【分类号】	Q343
【正文快照】	随着基因组研究的逐步深入,肿瘤研究方面对肿瘤细胞的分离显得日益重要。实体肿瘤组织具有高度不均一性,除含有肿瘤细胞外还有其他如间质细胞、结缔组织、浸润的淋巴细胞等杂细胞的存在。由于肿瘤组织中所含细胞比例不是固定不变,个体差别较大,因此将整块肿瘤组织用于基因组和?

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