【英文题名】
Search of the Stable Conformations of Lys-dipeptide and Lys-tripeptide by ABEEMσπ/MM Method
【作者】
王月娇 ;
【导师】
杨忠志 ;
【学位授予单位】
辽宁师范大学 ;
【学科专业名称】
原子与分子物理
【学位年度】
2017
【论文级别】
硕士
【网络出版投稿人】
辽宁师范大学
【网络出版投稿时间】
2017-07-28
【关键词】
从头算方法 ;
ABEEMσπ/MM ;
势能面 ;
构象搜索 ;
赖氨酸多肽 ;
【英文关键词】
Ab initio method ;
ABEEMσπ/MM ;
PES ;
conformational search ;
lysine peptides ;
【中文摘要】
以极性带正电荷的赖氨酸分子为模型分子,应用ABEEMσπ/MM探究其二肽、三肽的稳定构象,并以从头算方法得到的结果作为标准,进行对比。在本文中,首先是对赖氨酸二肽分子势能面进行研究,应用B3LYP/6-311++G(d,p)对赖氨酸二肽的势能面扫描,之后对该赖氨酸二肽进行频率计算和结构的优化,并以优化后的构象作为标准。接下来,运用ABEEMσπ/MM探究赖氨酸二肽分子稳定构象中,通过调节了模型分子支链上二面角参数,即:V_1、V_2、V_3,使结果与从头算相符。将已调好的二面角参数直接转移到其三肽分子的计算中,以保证研究体系的参数一致性。ABEEMσπ/MM获得了和从头算一样多的共19类稳定构象。在赖氨酸三肽分子的研究中,经ABEEMσπ/MM力场优化后同样可以得到和从头算一样多的共46类赖氨酸三肽的稳定构象。参照从头算的结果,经ABEEMσπ/MM方法优化所得的赖氨酸二肽、三肽的稳定构象的骨架二面角的平均绝对偏差(MAD)分别是2.1°、8.0°。同时,在本文也采用其它力场进行计算。在OPLS/AA中,获得的二肽、三肽的稳定构象分别为15类、29类,算得二肽的平均绝对偏差是17.1°,三肽的平均绝对偏差是2...
【英文摘要】
In this thesis,the basic polar lysine molecules with positive charge was used as the model molecule.The results are obtained from searching the stable conformations of lys-dipeptide and lys-tripeptide by ABEEMσπ/MM method,and that results are compared with the results by ab initio method.First of all,the potential energy surface of lys-dipeptide was obtained from B3LYP/6-311++G(d,p).After frequence calculated and structure optimized,all local minima were obtained.Then ABEEMσπ/MM method was used in the optim...
【更新日期】
2018-04-08
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