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应用ABEEMσπ/MM方法探讨甘氨酸和苏氨酸二肽、三肽分子的稳定构象  
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【英文题名】 Search of the Stable Conformations of Gly-dipeptide、Gly-tripeptide、Thr-dipeptide as Well as Thr-tripeptide by ABEEMσπ/MM Method
【作者】 孙婷婷;
【导师】 杨忠志;
【学位授予单位】 辽宁师范大学;
【学科专业名称】 物理化学
【学位年度】 2017
【论文级别】 硕士
【网络出版投稿人】 辽宁师范大学
【网络出版投稿时间】 2017-07-28
【关键词】 从头算方法; ABEEMσπ/MM; 甘氨酸多肽; 苏氨酸多肽;
【英文关键词】 Ab initio method; ABEEMσπ/MM; Glycine polypeptide; Threonine polypeptide;
【中文摘要】 多肽是一类重要的生物分子,一些多肽经过加工和变形构成了蛋白质。对于多肽稳定构象的研究在实际生活中具有很重要的意义。为了更好地探究多肽分子稳定构象的性质,本文探索了甘氨酸和苏氨酸二肽及三肽分子的稳定构象,这些为探究生物大分子的构象打下了良好的根基。本文应用Gaussian09量子化学软件和GaussView5.0可视化软件在B3LYP/6-311++G(d,p)水平下对甘氨酸二肽及苏氨酸二肽在气相和水相中的势能面进行扫描与分子结构优化,并将气相和水相条件下得到的结果进行了比较。对于三肽的研究,本文分别将甘氨酸二肽五组稳定构象和苏氨酸二肽十组稳定构象的(φ,ψ)进行两两排列组合,从而得到初始三肽构象,即二十五类、一百类。然后使用相同的方法基组进行优化和频率计算,从而得到二十五类甘氨酸三肽和四十类苏氨酸三肽的稳定构象。接下来本文应用ABEEMσπ/MM、OPLS/AA、AMBER99sb和CHARMM27等不同力场方法探究甘氨酸与苏氨酸对应二肽、三肽的稳定构象。以从头算B3LYP/6-311++G(d,p)计算的稳定构象为基准,只有ABEEMσπ/MM可以获得与从头算相同数量的对应二肽、三肽的稳定构象,而且算得的甘...
【英文摘要】 The polypeptide is a kind of important biological molecule.Many peptides form protein by processing and deforming.Research on the stable conformation of the polypeptide is very important in the actual life.In order to explore the properties of stable conformation of polypeptide,we have studied the stable conformations of dipeptides and tripeptides of glycine and threonine,which is a good foundation for studying the conformation of biological macromolecule.The scan of the potential energy surface and the opt...
【更新日期】 2018-03-15

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导师：杨忠志    导师单位：辽宁师范大学    学位授予单位：辽宁师范大学
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