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mRNA二级结构自由能在不同物种中的分布差异研究

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【英文题名】	Difference of mRNA Secondary Structure And MFE among Different Spieces
【作者】	王琛;
【导师】	胡景江; 陶士珩;
【学位授予单位】	西北农林科技大学;
【学科专业名称】	植物学
【学位年度】	2015
【论文级别】	硕士
【网络出版投稿人】	西北农林科技大学
【网络出版投稿时间】	2015-07-22
【关键词】	mRNA二级结构; 自由能; 进化距离;
【英文关键词】	mRNA secondary structure; free energy; evolutionary distance;
【中文摘要】	RNA单链分子在细胞中会折叠形成各种各样的二级结构,这些二级结构与RNA功能的发挥密不可分。就信使RNA而言,它们的二级结构在各种生命过程中发挥着重要作用,其中包括蛋白质的折叠和转运,翻译过程的起始和延伸,并且能够影响翻译速率以及m RNA的稳定性等。之前的研究中,大部分人把注意力放在了具有保守的二级结构的功能元件上。而忽略了对m RNA整体结构稳定性的研究。因此,本研究从基因组层面上研究了m RNA结构稳定性在不同物种中的分布规律,并探究了自由能分布与物种进化亲缘性的关系。研究中对m RNA自由能的计算用的是Vienna RNA软件包中的RNAfold软件,研究选取了1248个细菌物种,34个真菌物种,以及44个鸟类物种的蛋白质编码序列。并在pfam中搜索了鸟类15组同源基因。用Taxonomy构建了进化树,并且用Evol View进行编辑。对自由能在不同物种间的分布进行了研究,发现在进化距离较远的物种之间自由能的差异比进化距离近的物种之间自由能差异更显著。自由能大小随物种亲缘远近表现出一定规律。比较了真菌物种自由能与进化距离后发现同一属物种有些MFE差异较小,有些差异却比较大。随后选择了1248个细菌物种...
【英文摘要】	RNA is an important biological organism which is indispensable in various life activities, not only including the includes transfer of genetic information, but also other important biological functions such as the process of RNA splicing and modifying, it also can play as a catalyst in the process of RNA splicing, and can play a regulatory role in the process of translation, which involves degradation of RNA and localization in cell. There are many different kinds of RNA in cells, including tRNA(transport R...
【更新日期】	2016-04-05

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