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基于RNA-seq分析不同类型油菜品系的表达特征  
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【英文题名】 Characterizing the Transcriptome of Differetn Rapeseeds under Different Breeding Process by RNA-SEQ
【作者】 师文霞;
【导师】 孟金陵;
【学位授予单位】 华中农业大学;
【学科专业名称】 发育生物学
【学位年度】 2013
【论文级别】 硕士
【网络出版投稿人】 华中农业大学
【网络出版投稿时间】 2014-10-27
【基金】 973计划;国家自然科学;
【关键词】 RNA-seq; 甘蓝型油菜; 基因表达; 转座子表达;
【英文关键词】 RNA-seq; Brassica napus; gene expressed; transposons expressed;
【中文摘要】 甘蓝型油菜(AnAnCnCn)不仅是我国甚至世界范围内重要的油料作物,而且是芸薹属物种中经历过种间杂交而成的典型异源四倍体物种。在甘蓝型油菜的育种历程中,种间杂交及外源基因组的导入常用于拓宽甘蓝型油菜的遗传背景及创建新的遗传资源。本实验室已经通过大规模种间杂交在常规甘蓝型油菜内导入白菜型油菜Ar和埃塞俄比亚芥的Cc基因组成分,获得了A基因组或AC基因组同时被替换的新型甘蓝型油菜。在研究过程中也发现经过种间杂交过程的甘蓝型油菜其基因组内会发生大量的染色体重排事件和新变异的产生,同时可能伴随有转座子的激发。 本研究采用转录组主流分析方法RNA-seq技术,对18份不同类型油菜品系(主要为甘蓝型油菜)的苗期转录组数据进行分析,其中包括白菜型油菜、经过种间杂交过程的甘蓝型油菜、未经过种间杂交过程的甘蓝型油菜。从全基因组水平全面分析经历过不同育种历程的甘蓝型油菜其功能基因及转座子的表达特征,试图从表达水平上探测不同育种历程,如杂交及外源种质导入,对甘蓝型油菜表达影响,并重点分析不同基因组胁迫条件下不同类型转座子的表达差异,主要分析内容及其结果如下： 1.以Brassica95k Unigene为参考,对...
【英文摘要】 Brassica napus (AnAnCnCn) is an important oil crop not only in China even in worldwide, and is a typical allotetraploid species undergone interspecific hybridization in Brassica species. In breeding process of B. napus, interspecific hybridization and introgression of exogenous genome is a frequent approach to broaden the genetic background of B. napus and create new genetic resource. Our laboratory has created new B. napus through the large-scale interspecific hybridization, which An genome or AnCn genome ...
【更新日期】 2015-02-26

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