柳树转录组高通量测序及SSR标记开发研究-中国优秀硕士学位论文全文数据库

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柳树转录组高通量测序及SSR标记开发研究

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【英文题名】	Research on Transcriptome Sequencing and SSR Markers Development of Salix
【作者】	郑纪伟;
【导师】	何开跃; 王保松;
【学位授予单位】	南京林业大学;
【学科专业名称】	植物学
【学位年度】	2013
【论文级别】	硕士
【网络出版投稿人】	南京林业大学
【网络出版投稿时间】	2013-11-01
【关键词】	柳树; 转录组测序; 微卫星; 通用性;
【英文关键词】	Willow; RNA-seq; SSR; Transferability;
【中文摘要】	本研究以垂柳和簸箕柳为研究材料，利用新一代454高通量测序技术进行转录组测序，并进行生物信息学分析，比较乔木柳与灌木柳转录本之间的差异；同时利用测序产生的大量EST序列开发了一组SSR标记，并检验了SSR标记在柳树不同种及杂交种间的通用性。本研究的主要结论如下： 1.本研究应用Roche454GS FLX平台对垂柳和簸箕柳进行转录组测序，分别获得原始读段(Reads)280074和267030个，平均长度为415bp。拼接后垂柳得到40271个Unigene(Contig4701个和Singlet35570个)；簸箕柳得到55083个Unigene (Contig7793个和Singlet47290个)。对两个样本转录组测序数据进行了GO注释分类和KEGG代谢通路分析。在两个样本转录本之间筛选出550个差异表达基因，并对这些差异表达基因做GO注释分类。 2.利用不同软件对两个样本的Unigene进行SSR位点查找，经比较发现MISA软件最为快捷、有效。在垂柳和簸箕柳中分别检索到1572和2949个SSR候选位点。利用Primer5软件进行引物设计，在垂柳和簸箕柳中分别成功设计459和729对引...
【英文摘要】	In this research, RNA-seq was carried out to produce substantial expressed sequence tags(ESTs) by use of leaves of S. babylonica and S. suchowensis through454GS FLX platform. Onthe basis of database, a set of SSR markers were developed; and the transferability of SSRmarkers of salix was analyzed between different species and hybrids. The main results are asfollowed； 1.454GS FLX platform and Titanium regent were used to produce EST from the leaves ofS. babylonica and S. suchowensis. A total of547104ESTs(...
【更新日期】	2014-01-16

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