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基于R语言的DNA微阵列数据分析与挖掘平台的构建  
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【英文题名】 Construction of Platform for Analyzing and Mining DNA Microarray Data Based on R Language
【作者】 李勃;
【导师】 邓林红;
【学位授予单位】 重庆大学;
【学科专业名称】 生物学
【学位年度】 2013
【论文级别】 硕士
【网络出版投稿人】 重庆大学
【网络出版投稿时间】 2013-11-05
【关键词】 基因芯片; R语言; Bioconductor; 数据归一化; 质控;
【英文关键词】 DNA Microarray; R language; Bioconductor; data normalizing; Quality; control (QC);
【中文摘要】 DNA微阵列（即基因芯片）是诞生于上世纪末的一项伟大技术，它是迄今为止最重要的基因表达调控研究技术之一。面对公共数据库中与日俱增的基因芯片表达谱数据，如何高效地从海量的数据中提取和发掘有用的生物学知识便成为当前生物学家遇到的最大挑战。虽然已有多种用于基因芯片数据分析的软件，但大多数软件的分析模块化，定制性较差，不适合二次开发，对新算法的兼容和容纳能力也很有限，不能满足深层数据挖掘的需要。 为了深入分析和挖掘蕴藏在基因芯片数据中的重要信息，本研究基于开源的R语言编程平台，以Bioconductor为生物计算环境，利用多种软件包在本地服务器上构建了一个用于的基因芯片数据分析和挖掘系统。并采集公共数据库中已发表的Affymetrix寡核苷酸微阵列原始数据GSE470，对构建的芯片数据分析系统进行了包括基因芯片数据的获取、预处理、质量检测、差异表达基因的筛选、GO注释、聚类分析、pathway分析、基因表达调控网络和分子互作网络的分析与可视化等多项实际测试。 GSE470芯片数据组的测试结果发现，哮喘患者与正常人体存在PIP、MMP1、PDPN等33个差异表达的基因，两者间最大的信号通路差异在于氧化磷...
【英文摘要】 DNA microarray (i.e, gene chips), a great technology developed in the end of thelast century is by far one of the most important techniques for gene expression andregulation research. As DNA microarray data grow in the public repository, it is thebiggest challenge for biologists to extract and discover the useful biological knowledgefrom the vast amounts of data. At present, there are various softwares for microarraydata analysis, but most modularized softwares are not suitable for secondarydevelopment, ana...
【更新日期】 2014-01-13

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导师：邓林红    导师单位：重庆大学    学位授予单位：重庆大学
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