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茄子与绒毛状烟草microRNAs的生物信息学分析及验证  
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【英文题名】 Computational Identification and Experimental Validation of MicroRNAs in Eggplant(Solanum Melongena) and Tobacco(Nicotiana Tomentosiformis)
【作者】 张磊;
【导师】 孙玉合;
【学位授予单位】 中国农业科学院;
【学科专业名称】 作物遗传育种
【学位年度】 2012
【论文级别】 硕士
【网络出版投稿人】 中国农业科学院
【网络出版投稿时间】 2012-07-25
【关键词】 茄子; 绒毛状烟草; microRNA; 靶基因; 生物信息学; 实验验证;
【英文关键词】 Eggplant; Tobacco; MicroRNA; Target gene; Bioinformatics; Experimental validation;
【中文摘要】 microRNAs(miRNAs)是一类在真核生物和DNA病毒中发现的长为21-24nt、非编码、内源性的单链小分子RNA,在基因表达中通过对靶mRNA的翻译抑制或降解,发挥转录后水平的负调控作用。作为基因表达调控分子,miRNAs参与植物的根、茎、叶和花等器官的形态建成;此外,miRNAs在信号转导、应对生物和非生物胁迫中发挥着重要作用。本研究利用已知植物的miRNAs和前体的二级结构特征,在茄子EST序列和绒毛状烟草基因组中进行miRNA的同源预测,从miRNA序列特征、miRNA的家族多样性、miRNA基因簇、正义/反义miRNAs以及靶基因的功能等方面进行分析,并通过RT-PCR和5′RACE验证部分miRNAs和靶基因,为其它物种特别是茄科植物miRNAs的研究奠定基础,以期揭示烟草生长发育的调控机理,为烟草的抗性育种提供理论依据。本论文主要包括以下三个方面的内容: (1)在茄子EST序列中预测到12个家族的16条miRNAs,其中包括3个miRNA家族的正义/反义miRNAs,而miR390和miR399家族的正义/反义miRNAs属于第一次发现。利用psRNATarget软件预测到15条...
【英文摘要】 MicroRNAs (miRNAs) are a class of non-protein-coding, endogenous, single-strand molecules of21–24nucleotides in length, which have been reported to regulate gene expression negatively at thepost-transcriptional levels in plants, animals, and other diverse eukaryotes as well as a number of DNAviruses. In plants, miRNAs function to control tissue (leaf, root, stem, and flower) differentiation anddevelopment, signal transduction, and the response to biotic and abiotic stress. In this study, acomputational homo...
【更新日期】 2012-09-25

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