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人类核糖核苷酸还原酶的模拟分子对接  
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【英文题名】 Structure Modeling of Human Ribonucleotide Reductase
【作者】 李禹;
【导师】 林标扬; 薛庆中;
【学位授予单位】 浙江大学;
【学科专业名称】 生物信息学
【学位年度】 2012
【论文级别】 硕士
【网络出版投稿人】 浙江大学
【网络出版投稿时间】 2012-06-28
【关键词】 核糖核苷酸还原酶; 虚拟筛选; 蛋白质—小分子/蛋白质对接; 热点氨基酸;
【英文关键词】 Ribonucleotide Reductase; Virtual Screening; Protein-Ligand/Protein docking; hotspot residues;
【中文摘要】 核糖核苷酸还原酶(RR)是人类体内唯一的催化4种核糖核苷酸还原、生成相应的脱氧核糖核苷酸的酶。研究表明,人体小亚基R2能促进各种致癌基因的转变,提高癌细胞的入侵能力。因此通过,研究R2抑制剂,抑制肿瘤细胞的生成和转移,已成为治愈人类癌肿的靶点研究之一,越来越受到关注。本文从结构生物信息学的角度研究人体中RR的小亚基R2蛋白质。首先,我们应用metaPocket2.0找出R2表面上可能的小分子作用位点,应用AutoDock Vina蛋白质与小分子对接软件对ZINC、DrugBank和PDB数据库中大规模的小分子进行了虚拟筛选,筛选出9个可用于实验验证的小分子化合物。我们筛选出一个新的R2抑制剂,格列喹酮,它与2个活性位点的结合亲和力值最好,为下一步实验验证提供依据。接着,我们应用ZDOCK蛋白质-蛋白质对接软件进行R1和R2模拟对接,并利用metaPPI预测出R1和R2上的蛋白质结合位点,构造出4种RR全酶模型。最后,通过从结构和序列上比较人类R2与大肠杆菌的R2,以及通过KFC、FlodX、HOTPOINT和HotSpot Wizard4种软件预测,得到了R2二聚体结合表面上的1对热点氨基酸A_PHE101-...
【英文摘要】 Ribonucleotide Reductase (RR) is the unique enzyme responsible for the conversion of ribonucleotides to2'-deoxyribonucleotides in human. Study have shown that small subunit R2can promote the transformation of various oncogenes and enhance the invasion ability of cancer cells. Therefore, the study of R2inhibitor, to inhibit the generation and transfer oftumor cells, has become one of the target for research to cure human cancer, and got more and more attention.In this article, we mainly focus the small submi...
【更新日期】 2012-09-12

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