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主要作物EST分析系统的构建及应用  
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【英文题名】 Development and Application of Analysis System for EST of Major Crops
【作者】 汤继凤;
【导师】 贾继增; 曹永生;
【学位授予单位】 中国农业科学院;
【学科专业名称】 管理科学与工程
【学位年度】 2004
【论文级别】 硕士
【网络出版投稿人】 中国农业科学院
【网络出版投稿时间】 2004-07-22
【基金】 国家重点基础研究发展计划(973计划)
【关键词】 生物信息学; EST; EST-SSR; cSNP; 农作物;
【英文关键词】 bioinformatic; EST; EST-SSR; cSNP; crop;
【中文摘要】 植物基因组学的发展产生了一大批有价值的数据,EST(expressed sequences tag)是其中的重要组成部分。利用生物信息学的原理和方法发掘这些海量数据中蕴藏的信息,已成为当前基因组学研究的一个重要组成部分。本研究主要进行以下两方面的研究。 针对大规模分析主要作物EST的需要构建了多功能自动化的分析系统。同时为了方便本实验室相关研究,本系统还增加了生物信息服务功能。因此,本研究所开发的主要作物EST分析系统分为数据分析和生物信息服务两部分,数据分析部分是整个系统的核心。它包括EST-SSR(simple sequeilce repeat,SSR)发掘系统、电子克隆系统、本地化blast(blast basic local alignment search tool)分析系统、EST序列拼接系统和cSNP(single nucleotide polymorphism,SNP)发掘系统共五个子分析系统。这五个子系统是利用新开发的数据挖掘软件并有机结合已有的软件构建的。本地化blast分析系统是在将NCBI的blast系统本地化基础上加入了新的数据库和新开发的blast结果处...
【英文摘要】 With the development of plant genomics, a great deal of valuable data is generated, of which EST (expressed sequence tag) is an important part. It has been an emphasis part of nowadays research to mine valuable information from these huge number EST data by bioinformatics technique. The research involves the following two parts. To analyze EST of major crops on a large scale, automatic analysis system with integrating functions is developed. At the same time, for facilitating other studies in our ...

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