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基因芯片扫描仪软件设计  
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【作者】 丁胜;
【导师】 陶纯堪;
【学位授予单位】 南京理工大学;
【学科专业名称】 光学工程
【学位年度】 2003
【论文级别】 硕士
【网络出版投稿人】 南京理工大学
【网络出版投稿时间】 2003-09-30
【关键词】 基因芯片; 基因芯片扫描仪; 图像采集; 图像恢复; 芯片分析; 模糊形态滤波; 自动定位; 半自动定位; 信号强度计算; 基因表达分析; 基因芯片分析系统;
【英文关键词】 Genechip; Genechip Scanner; image acquiring; image recovery; chip analysis; Fuzzy mathematical morphology; automatic gridding; semi-automation gridding; Extraction of fluorescent intensity; Expression analysis; AnaArray 1.0;
【中文摘要】 基因芯片图像的采集和芯片分析是芯片技术的关键环节,芯片图像获取的准确性和分析的可靠性直接影响芯片的应用。本文首先完成了图像采集系统的自动控制,并且针对采集过程的特点准确的恢复出扫描芯片的图像。然后从图像分析和数据分析两方面研究了影响芯片分析的因素,实现了对杂交荧光图像的信号提取和基本的生物信息分析。 在图像采集系统中,首先完成了扫描仪工作的自动控制,扫描范围可选。为了解决图像扫描过程中出现的非线性畸变,首先运用仿射变换校正图像象素位置发生的非线性移位,然后采用线性插值算法进行图像恢复。 针对杂交图像中污点、噪声形状、灰度变化比较大的特点,本文引入模糊形态学的方法成功抑制了污点、噪声等杂散信号的干扰。同时该方法对于荧光猝灭所造成的信号点中空现象具有较好的弥补作用。 在网格定位中,本文针对信号点不规则的芯片图像提出了基于图像分割的自动定位方法——阈值分割,该方法简单快速,但对于光密度分布不均匀的信号点,可能会去掉部分微弱信号,降低了计算的准确性。对于信号点规则的芯片图像,本文采用人机交互的半自动定位方...
【英文摘要】 Gnenchip image acquisition and chip analysis are the key parts of techniques for genechip and play two important roles in the application of genechip. In this paper, first we accomplish how to control the image acquiring system, and recovery the chip image accurately, aiming for the feature of acquiring course. Then we study the methods of image analysis and data analysis in order to extract the hybridizing intensity and retrieve the biological information. In image acquiring system, ...

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导师:陶纯堪    导师单位:南京理工大学    学位授予单位:南京理工大学
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