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拟南芥DNA_J结构域蛋白的生物信息学分析及其亚细胞定位验证

Bioinformatics and subcellular localization analysis of a protein containing the DNA_J domain of Arabidopsis thaliana

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【作者】 宁正元王爱荣林文伟林德书张冬梅刘泓周洁王宗华

【Author】 NING Zheng-yuan1,WANG Ai-rong1,2,LIN Wen-wei2,LIN De-shu2,ZHANG Dong-mei2,LIU Hong2,ZHOU Jie2,WANG Zong-hua2(1.College of Computer and Information;2.Functional Genomics Center,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou,Fujian 350002,China)

【机构】 福建农林大学计算机与信息学院福建农林大学功能基因组学研究中心福建农林大学功能基因组学研究中心 福建农林大学功能基因组学研究中心福建福州350002

【摘要】 对拟南芥RSS1蛋白进行了一系列生物信息学分析,结果表明:该蛋白是一C端含有DNA_J结构域的辅助蛋白,其N端含有受体蛋白复合物AP-2结合区DPF/W和FxDxF区,中间区域含有可信度较低的丝氨酸富集区和谷氨酸富集区.该蛋白可能具有ATP结合活性、丝氨酸/苏氨酸激酶活性和磷酸酶活性,可调控细胞循环和蛋白的磷酸化和去磷酸化作用.利用洋葱表皮瞬时表达系统验证了RSS1-GFP融合蛋白定位于细胞核中,为进一步研究该蛋白的分子和生物学功能奠定了良好基础.

【Abstract】 A series of bioinformatics analysis of RSS1 protein of Arabidopsis thaliana was analyzed.The result showed that RSS1 had a J-domain,resembling clathrin-uncoating factor auxilin at its C terminus.It also contained an Asp-Pro-Phe(DPF) adaptor protein-binding motif and FxDxF motif at the N terminus,which was known to bind to the appendage domain of α or β subunits of an adaptor protein complex AP-2.Moreover,there were a serine-rich region and a glutamic acid-rich region in RSS1.The bioinformatics data suggested that RSS1 might have ATP-binding activity,serine/thrine kinase or phosphatase activity and it might regulate cell cycle or phosphorylation or dephosphorylation of proteins.Subcellular localization by instant expression of RSS1-GFP fusion protein on onion epidermis showed that RSS1 was localized in nucleolus,which would help to further characterize molecular or biological functions of the protein.

【关键词】 拟南芥辅助蛋白J结构域生物信息学
【Key words】 Arabidopsis thalianaauxilinJ-domainbioinformatics
【基金】 福建省自然科学基金资助项目(D0510020);国家自然科学基金资助项目(30471178)
  • 【文献出处】 福建农林大学学报(自然科学版) ,Journal of Fujian Agriculture and Forestry University(Natural Science Edition) , 编辑部邮箱 ,2007年04期
  • 【分类号】Q943
  • 【被引频次】7
  • 【下载频次】531
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