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生物序列局部比对的快速算法

Fast Local Alignment Algorithm for Biosequence

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【作者】 袁媛；

【Author】 YUAN Yuan School of Mathematics and Information Science, Jiaxing University, Jiaxing Zheiiang 314001

【机构】 嘉兴学院数学与信息科学学院 浙江嘉兴 314001；

【摘要】 给出了一个可适用于大规模的、非同源的两两生物基因组序列局部比对的快速比对算法SLA,该算法在运算时间上优于已有的局部比对软件包:chaos．

【Abstract】 In this paper, we introduce the SLA (Super Local Alignment) , the algorithm to create local a-lignment of divergent genomic DNA sequences. SLA is much faster while keeps the same or better performance, comparing with the existing tool: chaos.

【关键词】 序列的局部比对； 算法； 基因组；
【Key words】 local alignment； fast alignment algorithm； genomic sequence.；
  • 【文献出处】 嘉兴学院学报 ,Journal of Jiaxing University , 编辑部邮箱 ,2006年03期
  • 【分类号】Q811.4;Q75
  • 【被引频次】1
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