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利用基因表达谱挖掘差异表达功能类的稳健性

Robustness of mining the differentially expressed functional classes based on gene expression profiles

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【作者】 颜兴起郭政李霞王栋屠康

【Author】 YAN Xing-qi~1,GUO Zheng~(1,2,3*),LI Xia~(1,2,3),WANG Dong~1,TU Kang~1(1.Department of Bioinformatics,Harbin Medical University,Harbin 150086,China;2.School of Biology Science and Technology,Tongji University,Shanghai,200092,China;3.Harbin Gene-Tech Biochip Development Inc.,LTD,Harbin,150090,China)

【机构】 哈尔滨医科大学生物信息学系哈尔滨医科大学生物信息学系 哈尔滨150086哈尔滨150086同济大学生命科学与技术学院上海200092哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司哈尔滨150090

【摘要】 Gene Ontology广泛地应用于基于基因芯片数据的差异表达功能类分析。基因芯片技术存在检测缺失与检测误差等问题。本文探讨上述这二个因素对利用基因表达谱挖掘Gene Ontology中差异表达功能类的影响。结果显示,差异表达功能类对于检测缺失与检测误差干扰等有一定的稳健性。

【Abstract】 Gene Ontology is widely applied to mine differentially expressed functional classes based on the microarray experiments.However,there still are many problems of microarray technology,such as the incomplete coverage of measured genes over genome and measurement noise.We explore how such problems will affect on the mining outcomes.The results suggest that the discovered differentially expressed functional classes are robust to the factors of incomplete coverage and measurement noise.

【关键词】 基因芯片稳健性Gene Ontology
【Key words】 gene chipRobustnessGene Ontology
【基金】 国家自然科学基金(30370798,30170515,30370388);国家863计划(2003AA2Z20512002AA2Z2052);黑龙江科技攻关重点项目(GB03C602-4);哈尔滨市科技攻关项目(2003AA3CS113);黑龙江自然科学基金(F0177);哈医大211工程“十五”建设项目
  • 【文献出处】 生物信息学 ,China Journal of Bioinformatics , 编辑部邮箱 ,2006年01期
  • 【分类号】Q78
  • 【被引频次】4
  • 【下载频次】207
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