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基于BP神经网络的DNA解链温度预测模型

Predicting Melting Temperature of DNA Duplex by BP Neural Network

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【作者】 刘文斌朱翔鸥刘向荣

【Author】 Liu Wenbin1,2 Zhu Xiang’ou1 Liu Xiangrong2 1(College of Computer Science and Engineering,Wenzhou University,Wenzhou 325027) 2(Department of Control Science and Engineering,Huazhong University of Science & Technology,Wuhan 430074)

【机构】 温州大学计算机科学与工程学院华中科技大学控制科学与工程系 武汉430074华中科技大学控制科学与工程系温州325027武汉430074

【摘要】 在DNA计算中,为了确保计算过程的可靠性,要求编码信息的DNA序列必须具有相似的热力学稳定性。解链温度是目前评价DNA序列热力学稳定性的一个主要的参数,目前,生物工程中常用的各种预测方法都存在某些序列的误差偏大的缺点,因此难以满足像DNA计算这种大量DNA序列进行各种生化反应的计算过程的要求。论文以DNA序列的邻近法参数为基础,建立了一个基于BP神经网络的解链温度的预测模型。计算结果表明,DNA序列的解链温度的误差可以达到±5.5℃的范围。

【Abstract】 In DNA computing,one requirement of the encoding DNA sequences is that they should keep similar thermodynamic stability in order to maintain the reliability of the computing process.Melting temperature is a suitable parameter used to evaluate the thermodynamic stability of DNA sequences.As traditional predicting methods used in biological engineering may exist lager error for a few sequences,thus it can’t meet situation involved large amount of DNA sequences as DNA computing.In this paper,we introduce a BP Neural Network to predict the melting temperature based on the Nearest-Neighbor parameters.Our result shows that the predicting error can be limited within ±5.5℃.

【基金】 国家自然科学基金资助项目(编号:60403002,30570431,60503002);浙江省自然科学基金资助项目(编号:Y105654,Y405553);中国博士后科学基金(编号:2004036130);华中科技大学博士后基金(编号:2004009)
  • 【文献出处】 计算机工程与应用 ,Computer Engineering and Applications , 编辑部邮箱 ,2006年10期
  • 【分类号】TP183
  • 【被引频次】1
  • 【下载频次】161
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