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DNA序列编码及相似度计算

Codes of DNA Primary Sequences and the Similarity Calculation

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【作者】 张宝华王海水许禄

【Author】 ZHANG Bao-Hua, WANG Hai-Shui, XU Lu* (Changchun Institute of Applied Chemistry, Chinese Academy of Sciences, Changchun 130022, China)

【机构】 中国科学院长春应用化学研究所中国科学院长春应用化学研究所 长春130022长春130022

【摘要】 将DNA的一级序列如β-球蛋白基因的第一个外显子(Exon)转化为分子“结构图”,然后由所得“结构图”提取图的不变量,如分子连接性指数.以图的不变量作为自变量,再由相似度计算公式或距离公式进行相似度计算,其相似度的大小显示不同物种间亲缘关系的远近程度.运用这种方法对人、猴及鼠等8个物种的β-球蛋白基因的第一个外显子的相似度进行计算,所得结果与生物学中的进化树符合得较好.

【Abstract】 The first exon of DNA primary sequence such as β-globin gene was translated into “structure graph” based on the rules suggested in this paper. Then the invariants, such as molecular connectivity indices, were extracted from those graphic representations of DNA primary sequences, and used to calculate the similarities among the ten species. From these similarities/dissimilarities the homologies can be revealed that they are in agreement with the phylogenetic tree satisfactorily.

【基金】 国家自然科学基金(批准号:20473083)资助.
  • 【文献出处】 高等学校化学学报 ,Chemical Journal of Chinese Universities , 编辑部邮箱 ,2006年12期
  • 【分类号】Q523
  • 【被引频次】12
  • 【下载频次】378
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