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基于傅里叶技术快速预测DNA序列编码区

An Efficient Algorithm for Prediction Genes of Genomic Sequences Based on Fourier Analysis

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【作者】 王玉饶妮妮

【Author】 WANG Yu,RAO Ni-ni (School of Life Science and Technology, Univ. of Electron. Sci. & Tech. of China Chengdu 610054)

【机构】 电子科技大学生命科学与技术学院电子科技大学生命科学与技术学院 成都610054成都610054

【摘要】 利用功率谱分析探测DNA序列编码区的主要特征信号三周期性,需要计算1/3频率点的傅里叶频谱。针对该问题,提出了只计算1/3频率点处的傅里叶频谱快速预测DNA序列编码区的方法。理论分析和实验证明,该方法的计算速度比使用傅里叶变换或快速傅里叶变换的方法快,计算准确性保持不变,不需要一个训练组或现有数据库的信息。

【Abstract】 The major signal in protein coding regions of genomic sequence is three-base periodicity. We use Fourier transform as a spectral analysis tool for genes detection, all that is required is a spot Fourier coefficient at M/3, and the complete Fourier spectrum is not required. An algorithm for computing spot Fourier coefficients is presented. Thereby, a method is developed to recognize the protein coding region of genomic sequence quickly. An important feature of the method is that its computational speed is very fast. Furthermore, this method is independent of training sets or existing datebase information and thus can find general applications.

  • 【文献出处】 电子科技大学学报 ,Journal of University of Electronic Science and Technology of China , 编辑部邮箱 ,2006年05期
  • 【分类号】Q75
  • 【被引频次】5
  • 【下载频次】326
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