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截形苜蓿生物数据分析平台的构建与应用

Construction and Application of Medicago truncatula Bio-Data Analysis Platform

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【作者】 刘云岩苏震董江丽申小叶李道丰王涛

【Author】 LIU Yun-yan,SU ZHen,DONG Jiang-li,SHEN Xiao-ye,LI Dao-feng,WANG Tao~*(State Key Laboratory of Agro-biotechnology,China Agriculture University,Beijing,100094 China)

【机构】 中国农业大学农业与生物技术国家重点实验室中国农业大学农业与生物技术国家重点实验室 北京100094北京100094

【摘要】 为更有效地利用截形苜蓿(M.truncatula)的表达序列标签和其他公共数据,加快对截形苜蓿功能基因的研究步伐,构建了“M.trunca tula Home”生物数据分析平台,并以此为中心,整合了专门为截形苜蓿定制的电子克隆系统。该数据分析平台具有序列基本信息查询、电子克隆系统、试验一致性序列动态分类查询的功能。进一步利用“M.truncatula Home”生物数据分析平台大规模预测了截形苜蓿盐胁迫相关基因,从截形苜蓿的36878条试验一致性序列中预测出650条与耐盐相关的序列,为进一步克隆截形苜蓿耐盐相关功能基因奠定了基础。

【Abstract】 To use more efficiently the Medicago truncatula expressed sequence tags data and other public resources,facilitating the study for functional genes,a M.truncatula bio-data analysis platform,namely,"M.truncatula Home",was constructed.MT-Clone,an in silico clone system,specially for M.truncatula was combined into "M.truncatula Home".This bio-data analysis platform performs functions in basic information search,MT-Clone,and TC classification. The 650 TCs related to salt-stress have been designated from 36,878 M.truncatula TCs,while the "M.truncatula Home" was used to detect in a large scale the genes related to salt-tolerance.

  • 【文献出处】 草地学报 ,Acta Agrestia Sinica , 编辑部邮箱 ,2006年03期
  • 【分类号】Q943.2
  • 【被引频次】4
  • 【下载频次】212
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