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玻璃表面cDNA微阵列的制备与优化

THE FABRICATION AND OPTIMIZATION OF cDNA ARRAYSON THE GLASS SURFACE

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【作者】 谢文章孙宝全马清梅程京

【Author】 XIE Wen-zhang1,3, SUN Bao-quan2,3, Ma Qing-mei1,3, CHENG Jing1,3(1. Department of Biological Science & Biotechnology; 2. Department of Chemistry;3. Beijing National Biochip Research and Engineering Center, Tsinghua University, Beijing 100084, Chi

【机构】 清华大学生物科学与技术系清华大学生化学系清华大学生物科学与技术系 生物芯片北京国家工程研究中心北京100084生物芯片北京国家工程研究中心北京1000

【摘要】 对DNA进行荧光标记,确定简单、实用和有效的固定化方法和筛选出合适的杂交条件 ,是制备DNA阵列的几个关键步骤。在PCR的过程对cDNA进行标记 ,不同的掺入比例可以得到不同的标记效率,Cyedye -dCTP/dCTP的比例在1:3~1:4较好。将DNA固定到玻璃表面 ,poly -l-lysine方法是一种不需要对DNA进行修饰的有效方法。其中UV照射的能量以600mJ效果最好 ;水合(rehydrate)温浴过程的温度以65°C最佳。在固化过程中所用探针的浓度0.2 -0.5mg/ml对杂交信号影响不多 ,也就是芯片表面固定的探针DNA应选在此范围内。杂交信号与所用的靶DNA的浓度成正相关 ,且在一定的范围内呈正比例关系。

【Abstract】 DNA was labeled with Cy3 or Cy5 during process of PCR. The optimized ratio of Cy3-dCTP/dCTP is between 1:3 and 1:4. Coupling strategy was currently used to graft DNA onto a glass surface by poly-l-lysine. The method involves coating a glass surface with a layer of poly-l-lysine and then spotting unmodified double-stranded DNA onto the coated glass in high salt to promote adsorption DNA to the poly-l-lysine layer. Both the coupling procedure and the hybridization efficiency have been optimized. The optimized temperature is 65℃. The optimized UV energy is 600mJ (BioRad UV crosslinker). The optimized concentration of probe DNA is 0.2mg/ml to 0.5mg/ml.

  • 【文献出处】 生物物理学报 ,Acta Biophysica Sinica , 编辑部邮箱 ,2002年01期
  • 【分类号】Q78
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