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细菌基因组结构:识别种系群的分子标志(英文)

Bacterial genome structure: a molecular marker to reveal phylogenetic clusters

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【作者】 刘树林刘桂荣李绍贤刘葳峤郑君芳朱万孚谷鸿喜郭晓奎马佳毓K.E.Sanderson周宇光R.N.Johnston

【Author】 LIU Shu-Lin 1,2,△ ,LIU Gui-Rong 1,2 , LI Shao-Xian 3, LIU Wei- Qiao 4,ZHENG Jun-Fang 2, ZHU Wan-Fu 2, GU Hong-Xi 3, GUO Xiao-Kui 3 ,MA Jia-Yu 3, Kenneth E. Sanderson 4,ZHOU Yu-Guang 5,Randal N. Johnston 6 (1 Department of Microbiolog

【机构】 加拿大卡尔加里大学医学院微生物系哈尔滨医科大学微生物学教研室加拿大卡尔加里大学生物系北京大学基础医学院微生物系哈尔滨医科?

【摘要】 目的 :评价细菌基因组结构作为种系标志在细菌亲缘关系识别中的应用。方法 :本研究选用 3个属的细菌 :Klebsiel la ,Neisseria以及Vibrio。为得到完整的基因组DNA ,整个提取的操作过程都在琼脂糖凝胶中进行。经proteinaseK除蛋白后 ,基因组DNA置于TE缓冲液中待用。内切酶Ⅰ CeuⅠ是本研究中主要的工具酶。酶切后的基因组DNA经脉冲场电泳分离。结果 :Klebsiella的所有菌株 (两个种 ,即Klebsiellapneumoniae和Klebsiellaoxytoca)都有一个共同的基因组结构 ,而这一“Klebsiella基因组结构”与Escherichiacoli或Salmonella的基因组结构很相似 ,其主要不同之处有 3点 :(1)有 8个rrn操纵子 (Escherichiacoli和Salmonella各有 7个 ) ;(2 )基因组较大 ;(3)Ⅰ CeuⅠE片段易位。以往学术界认为Neisseria具有高度易变和多态的基因组结构。而我们的研究结果表明 ,Neisseria的基本基因组结构是相对稳定的。我们比较研究了 30 0株N .meningitidis,结果仅仅发现了少数几个不同的基因组结构。其中Z2 4 91株代表 5 0 %的群体 (Ⅰ型基因组结构 ) ,MC5 8株代表 2 0 %的群体 (Ⅱ型基因组结构 ) ,N0 4 5株代表 17%的群体 (Ⅲ型基因组结构 )。已知Z2 4 91和MC5 8代表不同的种系群 ,所以我们认为我们所鉴别出的Ⅲ型及其他型基因

【关键词】 基因组结构种系群ⅠCeuⅠ
【Key words】 Genome structurePhylogenetic clusterⅠ- Ceu Ⅰ
【基金】 anoperatinggrantfromtheMedicalResearchCouncilofCanada (MRC ;Grant #GOP 3 810 6)toLiuShu Lin ;anoperatinggrantfromtheNaturalSciencesandEngineeringResearchCouncilofCanada (NSERC ;Grant #2 16912 0 0 )toLiuShu Lin ;anoperatinggrantfromtheCanadi an
  • 【文献出处】 北京大学学报(医学版) ,Journal of Beijing Medical University , 编辑部邮箱 ,2002年05期
  • 【分类号】Q933
  • 【被引频次】2
  • 【下载频次】147
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