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一种高密度基因芯片设计的新方法

A New Method of High Density Gene Chip Design

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【作者】 孙啸王晔赵雨杰马建明陆祖宏

【Author】 SUN Xiao,WANG Ye,ZHAO Yu jie,MA Jian ming,LU Zu hong (Dept.of Biology & Biomedical Engineering,Southeast University,Nanjing 210096,China)

【机构】 东南大学生物科学与医学工程系!南京210096

【摘要】 基因芯片是一种由高密度寡核苷酸探针所形成的微阵列 .本文首先提出一种基因芯片上寡核苷酸探针设计的新思想 ,即变长变覆盖探针优化设计方法 ,通过该方法设计的寡核苷酸探针的杂交解链温度最大程度地保持一致 ,可有效地减少碱基杂交错配 ,提高基因芯片检测结果的可靠性 .根据上述核心思想 ,本文提出具体的检测目标核酸序列及其突变的基因芯片设计方法

【Abstract】 Gene chip is a kind of microarray with high density of oligonucleotide.In this paper,we present a new approach of gene chip design,by which an optimum set of oligonucleotide probes can be generated using dynamic programming.The probes have nearly the same melting temperature Tm,and are of variable length and variable overlap.The methods of designing gene chips detecting DNA mutation or SNPs are also proposed in this paper.

【关键词】 基因芯片探针设计动态规划
【Key words】 gene chipprobe designdynamic programming
【基金】 国家自然科学基金!(No .69971 0 1 0 )
  • 【文献出处】 电子学报 ,Acta Electronica Sinica , 编辑部邮箱 ,2001年03期
  • 【分类号】TN402
  • 【被引频次】13
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