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人RNA解旋酶基因家族新成员DVH的克隆与初步功能研究

Molecular Cloning of a New Member of Human RNA Helicase Family

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【作者】 林盛榕方雄英应康金华王兆谢毅毛裕民

【Author】 LIN Sheng rong 1,2 ,FANG Xiong ying 2, YING Kang 1,JIN Hua 1, WANG Zhao 1, XIE Yi 1,MAO Yu min 1 (1.Institute of Genetics, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai 200433, China; 2.Bioroad Gene Development Ltd., Shanghai 20009

【机构】 复旦大学生命科学学院遗传学研究所!上海200433上海博容基因开发有限公司,上海200092,上海博容基因开发有限公司!上海200092,复旦大学生命科学学院遗传学研究所!上海200433,复旦大学生命科学学院遗传学研究所!上海200433,复旦大学生命科学学院遗传学研究所!上海200433,复旦大?

【摘要】 一条长 3 44 6bp的人类新基因cDNA已从胎脑cDNA文库中被克隆 .该cDNA克隆包含长 2 5 83bp的开放读框 ,推测编码一条长 86 0个氨基酸残基的蛋白质 ,预测分子质量为 96 .8ku .通过同源性比较及profile搜索 ,预测氨基酸序列显示出DExH BOXRNA解旋酶基因家族特有的 7个保守基序及已知RNA解旋酶氨基酸序列的较高同源性 ,进一步通过建立蛋白质结构模型同已知RNA解旋酶结构的比较 ,可以认定其为一条人类RNA解旋酶基因家族新成员 .通过该基因编码的氨基酸序列中基序ⅡD E V H残基将其命名为DVH(DEVH boxHelicase) .生物信息学手段结合DVH基因表达谱分析结果可推定DVH可能在胎儿发育过程中起作用 .由于解旋酶基因家族同人类遗传疾病关系密切 ,以上结果可指导DVH基因的进一步功能研究并提示该基因作为疾病侯选基因的可能性

【Abstract】 A cDNA clone encoding a putative RNA helicase has been isolated from a human fetal brain cDNA library. The cDNA sequence is 3 446 bases long, and its largest open reaing frame encodes 860 amino acids. The central region of the predicted protein, which is homologous to a group of nucleic acid helicases, fits well the 7 conserved motifs of DExH box RNA helicase family. Depending on the results of alignment and 3D modelling by 3D PSSM, the predict protein is regarded as a putative new member of RNA helicase family, and designated as DVH (DEVH box Helicase). Homology comparing shows that DVH may be a developmental processes related protein and this hypothesis is reinforced by expression profile analysis on cDNA microarray data.

【关键词】 cDNARNA解旋酶三维位置专一性得分矩阵cDNA芯片
【Key words】 cDNARNA helicase3D PSSMcDNA microarray
【基金】 上海市现代生物与新药产业发展基金资助项目!(98431912 1);国家科技部科技型中小企业创新基金资助项目!(0 0C2 6 2 1310 0 16 5 )
  • 【文献出处】 复旦学报(自然科学版) ,Journal of Fudan University , 编辑部邮箱 ,2000年06期
  • 【分类号】Q785
  • 【被引频次】4
  • 【下载频次】139
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