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HLA DQ位点多样性模拟分析及其PCR RFLP分型

Computer Analysis of Human HLA DQ Locus Polymorphism and Genotyping by PCR RFLP

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【作者】 陈尚武冯炳健潘德京陈荣祥徐安龙

【Author】 CHEN Shang wuSchool of Life Sciences,Zhongshan University,Guangzhou 510275,China,FENG Bing jian,PAN De jing,CHEN Rong xiang, XU An long

【机构】 中山大学生命科学学院!广州510275云南澜沦县第一人民医院

【摘要】 选择27 个识别序列为4 nt 的限制性内切酶, 通过计算机对最新获得的19 个DQA1和35 个DQB1 等位基因第2 外显子中的一段序列进行模拟酶切分析, 根据酶切格局数目及各格局所代表的等位基因数的均衡性, 确定酶的优先次序, 在此基础上进行PCRRFLP模拟分析, 确定最佳的酶组合. 结果表明, 分别采用4 个和6 个酶的组合, 可有效鉴定DQA1 和DQB1 等位基因. 同时通过比较分析DQB1 各等位基因核苷酸位点的变异系数, 发现DQB1 不同血清型间等位基因第2 外显子核苷酸序列变化有一定规律. 研究为建立一个简捷准确的HLA 分型方法提供了新的理论基础.

【Abstract】 The exon 2 sequences of 19 DQA1 and 35 DQB1 alleles bounded respectively on two pairs of primers were cleaved successively with a set of 27 restriction endonucleotidases with 4nt recognition sequence by using a new computer program in order to determine the enzyme cleaving pattern and select proper enzymes for genotyping The genotyping of DQA1 and DQB1 alleles by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR RFLP) was also performed with computer program Results demonstrate a set of 4 and 6 restriction endonucletase have efficiently genotyped DQA1 and DQB1 alleles by PCR RFLP, respectively Some alleles can be identified with other restriction endonucletase besides above 27 enzymes The analysis of polymorphism of DQB1 alleles suggest that variability of nucleotide sequences of exon II among DQB1 alleles of different serotypes presents some rules The study provide the theoretical base for DQB1 and DQA1 genotyping by PCR RFLP

【关键词】 HLA基因型计算机分析
【Key words】 HLAgenotypecomputer analysis
【基金】 国家杰出青年科学基金;广东省自然科学基金
  • 【文献出处】 中山大学学报(自然科学版) ,ACTA SCIENTIARUM NATURALIUM UNIVERSITATIS SUNYATSENI , 编辑部邮箱 ,1999年05期
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