FamBLUP:基于系谱信息进行群体分组的BLUP方法

【作者】 刘航； 王欢欢； 魏莹晖； 王彦芦； 张雷； 张伟武； 范京辉；

【机构】 杭州市农业科学研究院；

【摘要】 旨在应对全基因组选择应用中因仅依赖基因组信息而导致的遗传信息捕捉不完全的问题,本研究采用GBLUP算法和群体分组相结合的策略,提出一种结合个体系谱信息进行群体分组的基因组选择方法(FamBLUP)。本试验选择了三个数据集,每个数据集中的个体都具有基因型、表型和系谱信息(数据集1:3000个模拟个体,表型1和表型2,遗传力分别为0.3和0.8;数据集2:485个个体,表型为平均出生重和总产活仔数,遗传力分别为0.34和0.06;数据集3:3729个个体,表型为出生重、眼肌厚度和100kg体重矫正日龄,遗传力分别为0.28、0.37和0.35。利用10次五折交叉验证对FamBLUP和GBLUP的预测准确性进行比较。结果显示,相比于GBLUP,FamBLUP对表型1和表型2的预测准确性分别降低5.3%和1.6%;在数据集2中,FamBLUP的预测准确性表现优于GBLUP,平均出生重和总产活仔数的预测准确性分别提升3.7%和14.7%;在数据集3中,FamBLUP的预测准确性表现也要优于GBLUP,出生重、眼肌厚和矫正100公斤体重日龄的预测准确性分别提升了19.7%、3.4%和9.1%。综上所述,FamBLUP在小群体或者低遗传力性状的基因组选择中表现出更高的预测准确性,优于GBLUP方法。更多还原